Perdebatan mengenai mana yang lebih baik, apakah tanaman organik atau hidroponik, menjadi cukup kompleks di kalangan masyarakat, bahkan pelaku bisnis pertanian. Asumsi yang umum ada dipegang oleh masyarakat adalah, sistem pertanian hidroponik yang menggunakan air sebagai media tanam, tak akan mencemari lingkungan. Sementara itu pertanian organik menghasilkan produk yang sehat dan ramah lingkungan, karena bebas bahan kimia, seperti pestisida.
Dalam sistem hidroponik, penggunaan nutrisi diatur oleh manusia secara presisi. Menurut laman Balai Besar Pelatihan Pertanian Lembang, pada tahun 1994 sebuah tes pernah dilakukan oleh Laboratorium Teknologi Tanaman Universitas San Jose California, untuk mengetahui kandungan vitamin dan mineral yang terkandung dalam hasil tanaman hidroponik dibandingkan dengan hasil tanaman organik dan juga hasil tanaman yang dibudidayakan secara konvensional.
Kelompok tersebut melakukan penelitian terhadap tomat dan paprika yang ditumbuhkan dalam ketiga kondisi tersebut, hasilnya menunjukkan bahwa tanaman hasil hidroponik memiliki vitamin dan mineral yang secara signifikan lebih tinggi dibanding dengan pola konvensional maupun organik. Hal ini menunjukkan bahwa kalibrasi dan ketepatan penggunaan unsur hara pada tanaman sangat menentukan tingkat optimalisasi kandungan nutrisi pada hasil tanaman tersebut.
Namun, kita perlu berhati-hati dalam mengonsumsi hasil produksi sistem hidroponik. “Jangan keliru. Hidroponik adalah sistem pertanian yang hanya tanpa tanah. Namun makanannya disuplai. Jadi pada cairannya diberi kalium, natrium, potasium, dan sebagainya. Dan semuanya adalah bahan kimia,” ujar Ahmad Sulaeman, Guru Besar Keamanan Pangan Dan Gizi, IPB. “Jadi hidroponik bukanlah organik,” ungkapnya menjawab perbedaan antara kedua sistem penanaman ini.
Namun menurut laman Balai Besar Pelatihan Pertanian Lembang, saat ini mulai banyak percobaan penggunaan mineral-mineral organik yang digunakan untuk perakitan nutrisi hidroponik. Bila kebutuhan nutrisi dalam pertanian hidroponik dikelola dengan baik, bisa jadi pestisida juga tak lagi digunakan dan tak akan meninggalkan residu pestisida dalam pembuangan media airnya.