Potensi itu mendorong munculnya titik-titik penyelaman dan snorkeling baru. Jika tahun 2000 baru ada 19 titik penyelaman, kini ada lebih dari 24 titik penyelaman. Muncul pula operator-operator baru di sejumlah lokasi wisata.
Akan tetapi, selain usaha pariwisata, tekanan terhadap lingkungan hidup datang dari penghuninya. Balai TNKS mencatat, sekitar 65 persen warga Kepulauan Seribu bermukin di Pula Panggang, Pramuka, Kelapa, Kelapa Dua, dan Harapan berada di dalam kawasan TNKS. Dengan mata pencaharian utama nelayan, aktivitas pencarian ikan dengan alat tangkap tak ramah turut merusak lingkungan. Dulu, nelayan umumnya menggunakan jaring muroami serta potasium sianda (dinamit) yang merusak laut.
Wakil Bupati Kepulauan Seribu Budi Utomo menambahkan, konservasi lingkungan hidup menjadi salah satu prioritas pengembangan Kepulauan Seribu, Sebagai sumber utama tawaean pariwisata, perbaikan mutu ekonomi sistem pulau, pantai, dan laut mutlak adanya.
Selain melarang nelayan menggunakan alat tangkap tak ramah, pemerintah juga mengajak warga mengawasi aktivitas pengunjung, antara lain, agar pengunjung selalu menjaga kebersihan, tidak mengambil biota laut, serta menyelam dan berenang tanpa merusak alam.