Museum Zoologicum Bogoriense atau Museum Zoologi didirikan oleh J.C. Koningsberger, seorang ahli botani asal Jerman pada tahun 1894. Museum ini awalnya memiliki fungsi sebagai wadah penelitian yang berkaitan dengan pertanian, inventarisasi fauna, dan zoologi.
J.C. Koningsberger mengumpulkan koleksi-koleksi dari berbagai daerah di Indonesia dan juga beberapa negara di dunia, salah satunya adalah Paus Biru, mamalia terbesar di dunia.
Jumlah koleksi yang dipamerikan di museum ini meliputi 3,5% jumlah jenis fauna yang terdapat di Indonesia. Selain koleksi binatang awetan, museum ini juga memiliki koleksi binatang hidup untuk penelitian ilmiah.
Koleksi ilmiah yang ada di zoologi terbagi dalam beberapa kelompok, yakni kelompok mamalia, ikan, burung, reptil dan amfibi, moluska, serangga, dan invertebrata lainnya.
Koleksi terbanyak yang dimiliki museum zoologi adalah koleksi serangga, yakni 12.000 jenis serangga, yang diwakili 2.580.000 contoh spesimen.
Dengan membayar tiket masuk seharga Rp 15.000,- (lima belas ribu Rupiah), pengunjung dapat mengunjungi museum ini pada hari senin hingga minggu dengan jam operasional mulai dari pukul 8 pagi hingga 4 sore.
Museum yang memiliki visi untuk menjadi pusat informasi fauna nusantara ini terletak di belakang area gedung Treub Laboratorium dan guest house Nusa Indah. Setelah mengunjungi museum ini, pengunjung diharapkan dapat mengenal kekayaan fauna nusantara, dan memiliki kepedulian terhadap fauna nusantara.