Kota Batam saat ini menjadi salah satu kota industri, kota dagang, dan kota pariwisata yang dikunjungi oleh sekitar 1 juta wisatawan luar negeri setiap tahunnya. Perkembangan Kota Batam ini menjadi tantangan tersendiri bagi kelestarian lingkungan terutama kawasan hutan dan pesisir yang semakin tergerus abrasi, sehingga luas wilayah Kota Batam terus berkurang.
Untuk tetap menjaga kelestarian lingkungan, Pemerintah Kota Batam telah menandatangani Memorandum of Understanding (MoU) pada 2012 dan mulai dibangun pada 2014 lalu.
Kebun Raya Batam akan menjadi salah satu bentuk konservasi alam dengan tujuan untuk menyelamatkan 23.430 hektare luas wilayah Pulau Batam yang merupakan kawasan hutan, dan terletak di tengah-tengah kawasan sanggraloka dan wisata alam Nongsa, tepatnya Jalan Lekiu KM 4 Kelurahan Sembau, Kecamatan Nongsa, Batam.
Arsitektur Kebun Raya Batam mengkombinasikan budaya Melayu dan arsitektur modern, dan akan membangun Botanical Skyway atau kereta gantung tempat pengunjung dapat menikmati keindahan koleksi dari sisi “bird eye view” dan juga mengagumi pemandangan kawasan sekitar Pulau Batam.
Kebun ini memiliki tema koleksi “Tumbuhan Pulau-pulau Kecil dan Pesisir Indonesia” yang akan disusun berdasarkan biogeographic region yang meliputi koleksi dari kepulauan wilayah Sundaland, Wallacea, New Guinea, Oceaniea, dan wilayah dunia lainnya.
Rencananya taman-taman tematik juga akan dibangun dengan model maze garden, flower garden, children garden dan taman-taman lain yang akan menjadi daya tarik dari kebun raya ini. Hutan-hutan mangrove yang berada dikawasan kebun raya ini akan tetap dipertahankan sebagai daerah forested zone, dan dapat diakses dengan menggunaan jembatan kayu.