Tim dari Arkenas, dan Dinas Kebudayaan, dibantu dari Universitas Gadjah Mada (UGM) Yogyakarta melakukan penelitian di Gua Braholo, Dusun Semugih, Desa Semugih, Kecamatan Rongkop, Gunungkidul, Yogyakarta. Selain ekskavasi, mereka juga melakukan pencitraan gambar tiga dimensi.Ekskavasi pertama di Gua Braholo diketahui dilakukan pada 1995 yang dipimpin oleh Prof Truman Simanjuntak dari pusat penelitian arkeologi Nasional Jakarta. Pada penelitian, digali 14 kotak ekskavasi dengan temuan berbagai tembikar sisa biji-bijian, yang sebagian di antaranya terbakar, hingga sisa fauna yang melimpah. Penggalian dilakukan bervariasi, mulai 3-7 meter. Ekskavasi dihentikan karena terhalang blok gamping. Pada kedalaman paling bawah belum menunjukkan steril atau masih ditemukan serpihan. Penggalian dilakukan dengan melibatkan masyarakat setempat. Mereka menggali secara hati-hati menggunakan kuas dan alat ringan. Setelah dikeruk, pengayakan dilakukan pada tanah untuk memisahkan tanah dan serpihan tulang, lalu dibersihkan dan dimasukkan ke dalam plastik.Sebelum dimasukkan ke wadah, setiap serpihan dicatat, ditemukan dalam lubang nomor berapa, dan kedalamannya. "Untuk arang disimpan di aluminium foil, agar tidak terkontaminasi tangan manusia, dan saat penelitian penanggalannya kabur," kata Arkeolog dari Balai Arkeologi Yogyakarta, Alifah, Kamis (26/10/2017).Dalam ekskavasi ditemukan rahang dan belikat rusa, hingga beberapa bagian tubuh monyet ekor panjang. Selain itu juga ditemukan kulit kerang dan manik-manik. Dari awal, semakin ke dalam semakin besar, lapisan atas monyet ekor panjang, babi, luwak atau musang, lingsang, tikus besar dan kecil, anjing tua, rusa sampai umur 3.000 tahun. "Untuk tulang manusia yang hampir utuh ditemukan saat ekskavasi awal sekitar tahun 1995,"jelasnya. Alifah mengatakan, dalam ekskavasi yang dilakukan 9 Oktober dan akan selesai 2 November mendatang ini akan dilakukan pengkajian terkait temuan tersebut. Para arkeolog menggali 3 lubang pada tahun ini. Pusat Penelitian Arkeologi Nasional, Thomas Sutikna, menyampaikan, tulang manusia yang ditemukan tergolong manusia modern awal pada medio 9.000 tahun lalu, atau sekitar 7.000 tahun sebelum masehi. "Kerangka manusia diperkirakan 9.000 tahun lalu, saat ini disimpan di museum di Punung (Pacitan). Di sini istilah yang digunakan bukan manusia purba, tetapi merupakan manusia modern pertama karena memiliki otak 1.200 cc, mereka bukan seperti manusia purba di Sangiran, tetapi memang sudah purba," tuturnya.
Artikel ini sudah pernah tayang di Kompas.com dengan judul Menelusuri Jejak Manusia Purba di Gua Braholo Gunungkidul.