Meski Pemberontakan Tonghak selesai dalam waktu seminggu, Kekaisaran Jepang dan Tiongkok tidak menarik pasukannya. Saat pasukan kedua kekuatan Asia saling berhadapan dan bangsawan Korea meminta kedua belah pihak untuk mundur.
Pada tanggal 23 Juli 1894, pasukan Jepang berbaris ke Seoul dan menangkap Kaisar Gojong dan Ratu Min. Pada tanggal 1 Agustus, Tiongkok dan Jepang menyatakan perang satu sama lain, berjuang untuk menguasai Kekaisaran Korea. Ini dikenal sebagai Perang Tiongkok-Jepang.
Perang tersebut dimenangkan oleh Kekaisaran Jepang. Hasilnya adalah Kekaisaran Korea tidak lagi menjadi bawahan Tiongkok, melainkan Jepang. Jepang memegang kendali dan Ratu Min pun sangat terpukul.
Meminta bantuan ke Kekaisaran Rusia
Putus asa mencari sekutu untuk membantu melepaskan cengkeraman Jepang di kekaisarannya, Ratu Min beralih ke Rusia. Ia melakukan yang terbaik untuk membangkitkan kekhawatiran Rusia tentang kekuatan Jepang yang meningkat.
Agen dan pejabat Jepang di Seoul menyadari tindakan Ratu Min. Mereka membalasnya dengan mendekati musuh bebuyutannya dan ayah mertuanya, Taewongun. Meskipun membenci orang Jepang, Taewongun semakin membenci Ratu Min. Maka ia pun setuju untuk membantu Jepang menyingkirkan sang ratu untuk selamanya.
Eksekusi Ratu Min
Pada musim gugur tahun 1895, duta besar Jepang untuk Korea Miura Goro menyusun rencana untuk membunuh Ratu Min. Rencana itu disebut "Operasi Perburuan Rubah".
Pagi-pagi sekali tanggal 8 Oktober 1895, sekelompok 50 pembunuh Jepang dan Korea melancarkan serangan mereka ke Istana Gyeongbokgung. Mereka menangkap Kaisar Gojong tetapi tidak mencelakainya. Kemudian mereka menyerang tempat tidur permaisuri, menyeretnya keluar bersama tiga atau empat pengiringnya.
Para pembunuh itu pun mengeksekusi Ratu Min. Orang Jepang memperlihatkan mayat ratu kepada beberapa orang asing lainnya di daerah itu, termasuk orang Rusia, sehingga mereka tahu sekutu mereka telah mati. Mereka kemudian membawa mayatnya ke hutan di luar tembok istana. Di sana, para pembunuh menyiram tubuh Ratu Min dengan minyak tanah dan membakarnya, menyebarkan abunya.
Pemakaman kekaisaran untuk sang ratu
Sebagai buntut dari pembunuhan Ratu Min, Kekaisaran Jepang membantah terlibat. Di sisi lain, mereka mendorong Kaisar Gojong untuk mencabut pangkat kerajaannya secara anumerta. Untuk sekali ini, sang kaisar menolak untuk tunduk pada tekanan mereka.
Kecaman internasional tentang pembunuhan Jepang atas penguasa asing memaksa pemerintah Meiji untuk mengadakan persidangan pura-pura. Hanya sebagian kecil dari pelaku dihukum. Duta Besar Miura Goro dibebaskan karena kurangnya bukti.
Pada tahun 1897, Gojong memerintahkan pencarian hati-hati di hutan tempat tubuh ratunya dibakar, yang menemukan satu tulang jari. Dia menyelenggarakan pemakaman yang rumit untuk relik istrinya ini. Upacara itu melibatkan 5.000 tentara, ribuan lentera dan gulungan yang menyebutkan kebajikan Ratu Min. Sebuah kuda kayu raksasa dibuat untuk membawanya ke alam baka. Permaisuri juga menerima gelar anumerta Permaisuri Myeongseong.
Pada tahun-tahun berikutnya, Jepang mengalahkan Rusia dalam Perang Rusia-Jepang (1904–1905). Jepang secara resmi mencaplok Semenanjung Korea pada tahun 1910, mengakhiri kekuasaan Dinasti Joseon. Kekaisaran Korea akan tetap berada di bawah kendali Jepang sampai kekalahan Jepang dalam Perang Dunia II.