Kaisar Shirakawa berusaha untuk menegaskan kemerdekaannya dengan turun tahta pada 1087 M dan membiarkan putranya Horikawa memerintah di bawah pengawasannya.
Shirakawa kemudian memerintah di belakang layar selama lebih dari tiga dekade. Kaisar, sejak saat itu, juga menciptakan birokrasi kekuasaan mereka sendiri (In-no-Cho) yang mirip dengan klan Fujiwara.
In-no-Cho berurusan dengan pajak dan hak tanah yang berkaitan dengan tahta, dan beberapa pejabatnya bahkan bekerja di birokrasi pemerintah juga.
Restorasi MeijiMeiji berarti 'Aturan Tercerahkan' - terjadi pada tahun 1867/8 M ketika Keshogunan Tokugawa yang bermasalah menghadapi kerusuhan yang meningkat di seluruh Jepang.
Para shogun disalahkan karena tidak menangani ancaman dari kekuatan asing seperti Amerika Serikat dan Inggris Raya secara memadai.
Bahkan ada slogan-slogan populer seperti sonno joi atau 'hormati Kaisar, usir orang barbar.' Shogun Tokugawa terakhir, Tokugawa Yoshinobu (memerintah 1867-1868 M) mengundurkan diri dan, setidaknya secara teori, kekuasaan penuh dikembalikan kepada kaisar (meskipun Kaisar Meiji baru berusia 15 tahun saat itu).
Istana kekaisaran dipindahkan ke Tokyo. Setelah itu, kaisar menjadi monarki konstitusional, meskipun militer akan memanipulasi posisinya hingga akhir Perang Dunia Kedua (1939-1945 M).