Namun, mereka akhirnya terpaksa mundur karena kekurangan perbekalan.
Pada bulan-bulan berikutnya, pemberontakan menyebar ke bagian lain Kyushu, dengan beberapa domain lain dan samurai bergabung dengan perjuangan Saigo.
Pemberontak memenangkan beberapa pertempuran kecil, tetapi mereka tidak dapat mengamankan kemenangan yang menentukan. Tentara Kekaisaran, sementara itu, menerima bala bantuan dan mulai melawan para pemberontak.
Mereka merebut benteng-benteng utama, seperti Kastil Kumamoto, dan menimbulkan kerugian besar pada pasukan pemberontak.
Pertempuran pemberontakan terakhir terjadi di Shiroyama pada tanggal 24 September 1877. Saigo dan pasukannya yang tersisa, kalah jumlah dan persenjataan, bertempur dengan gagah berani tetapi akhirnya dikalahkan.
Saigo sendiri bunuh diri daripada menyerah kepada Tentara Kekaisaran. Salah satu konsekuensi terpenting dari pemberontakan tersebut adalah berakhirnya kelas samurai.
Samurai telah menjadi kekuatan politik yang kuat di Jepang selama berabad-abad, tetapi cara hidup tradisional mereka terancam oleh kebijakan modernisasi pemerintah Meiji.
Saigo Takamori, seorang mantan samurai yang memimpin pemberontakan, percaya bahwa reformasi pemerintah menghancurkan nilai-nilai tradisional Jepang dan ingin mengembalikan kekuatan samurai.
Namun, pemberontakan tersebut berhasil dipatahkan, dan kelas samurai berangsur-angsur menghilang dari masyarakat Jepang.
Konsekuensi lain dari Pemberontakan Satsuma adalah konsolidasi kekuasaan pemerintahan Meiji.
Pemerintah menghadapi tentangan dari berbagai kelompok, termasuk para samurai, yang tidak senang dengan laju perubahan di Jepang.