Shoebill jarang berkembang biak saat di penangkaran meski sengaja dipasangkan. Tapi ancaman terbesar bagi shoebill berasal dari perusakan habitat alami mereka. Manusia melanggar habitat aslinya untuk menciptakan lahan untuk pertanian, permukiman, dan bahkan penggembalaan hewan.

Baca Juga: Shoebill, Burung Unik yang Punya Paruh Mirip Sepatu, Terancam Punah

Masuknya hewan peliharaan ke dekat habitat shoebill menyebabkan rusaknya sarang dan telur shoebill yang sedang dierami. Bila tidak diambil tindakan tegas, bukan tidak mungkin shoebill kelak tinggal nama saja.