Azyumardi Azra tidak pernah berhenti untuk mencoba mengatasi kesalahpahaman masyarakat tentang radikalisme dan ekstrimisme. Ia pun mengedepankan toleransi beragama untuk meningkatkan persatuan dan kesatuan bangsa. Buah pemikirannya dinilai sangat penting terutama bagi bangsa Indonesia yang sangat heterogen.