Versi lain mengatakan bahwa Goemon adalah anak seorang samurai bernama Ishikawa Akashi. Ketika dibunuh oleh orang-orang dari Keshogunan Ashikaga, Goemon bersumpah untuk membalas kematian sang ayah. Karena itu lah ia berhenti menjadi samurai dan mulai menjalani kehidupan sebagai seorang pencuri.
Goemon tumbuh menjadi ninja yang terampil. Ia adalah murid dari Momochi Sandayu, salah satu pendiri sekolah Ninjutsu Iga. Goemon dikenal punya sikap yang buruk. Ia pemarah dan hidup dalam aturanya sendiri. Goemon juga pernah berselingkuh dengan istri majikannya lalu kabur bersamanya dari Iga. Dalam beberapa versi, wanita itu kemudian dibunuh oleh Goemon karena menjadi penghalang dalam salah satu pelariannya.
Baca Juga: Rumah Letnan Arab dan Kampong Arab di dalam Kampong Cina Ternate
Pada awal mula karirnya, Goemon menjadi pencuri di Kyoto bersama sekolompok pencuri yang dia organisir. Mereka mencuri pada malam hari dan pada siang harinya, kelompok pencuri ini berpura-pura menjadi pedagang.
Biasanya, Goemon dan kelompoknya menyasar seorang daimyo yang kaya. Beberapa benda yang mereka curi disebarkan ke masyarakat. Mungkin ini cara mereka supaya menghalangi para pengerjarnya, ujar Ancient Origins. Walau demikian tingakan mereka ini, terutama di Zaman Edo, dianggap sebagai sebuah gagasan romantis — sekelompok pencuri merebut harta dari orang kaya dan memberikan pada orang miskin. Hal ini membuat Goemon menjadi seorang pahlawan dan populer di masyarakat Jepang saat itu.
Di penghujung akhir kisah Goemon ia ditangkap oleh pihak berwenang sebelum akhirnya dieksekusi. Ada dua versi yang menceritakan hal ini. Pertama beberapa pengikut Goemon di tangkap. Orang-orang ini mengungkapkan nama Goemon di bawah penyiksaan. Kemudian versi kedua, Goemon membobol kediaman Toyotomi Hideyosi, orang terkuat di Jepang saat itu. Tidak dijelaskan mengapa Goemon melakukan hal tersebut. Beberapa orang berkata bahwa Goemon hanya ingin mencuri harta Hideyoshi dan beberapa lainya mengatakan bahwa ia ingin membunuhnya.
Menurut legenda, Hideyoshi memiliki pembakar dupa ajaib yang akan membunyikan alarm ketika penyusup masuk ke kamarnya. Karena alarm itulah penjaga Hideyoshi menangkap Geomon.
Akhirnya, Hideyoshi menghukum mati Geomon dan seluruh keluarganya. Mereka dieksekusi secara terbuka di depan gerbang Kuil Najenzi di Kyoto, Goemon ditempatkan pada kuali dengan minyak yang mendidih bersama putranya yang masih kecil, yang ia angkat setinggi-tingginya.
Meskipun Goemon mati dalam peristiwa yang merikan, kisahnya tetap bertahan dan populer sejak Zaman Edo hingga seterusnya. Ada sebuah puisi perpisahan yang dibuat Goemon sebelum dieksekusi.
"Bahkan jika pasir di sungan dan pantai habis, benih pencuri tidak akan pernah mati."