Kruase-Kyora dan tim menemukan sisa bakteri itu pada kerangka laki-laki berusia 20 hingga 30 tahun dari masa itu. Kerangka ini diberi nama RV 2039 yang ditemukan pada akhir 1800an di wilayah Rinnukalns, Latvia. Ada pula saat penemuan saat itu terdapat satu kerangka lagi dari masa yang sama.
Dua kerangka ini kemudian sempat hilang dan temukan kembali pada 2011. Saat digali kembali, ternyata semuanya ada empat sepesimen yang kemungkinan dari kelompok masyarakat era berburu-pengumpul yang sama.
Karuse-Kyora dan timnya pun menggunakan sampel dari gigi dan tulang milik keempat pemburu-pengumpul itu, dan mengurutkan genom mereka. Selanjutnya, diuji terkait bakteri dan virus patogen di masa lalu.
Baca Juga: Dua Koin Emas Langka dari Periode Black Death Ditemukan di Inggris
Kendati demikian, ada hal yang kurang pada galur purba Y pestis yang merupakan hal penting, yakni gen milik kutu yang pertama kali membiarkan bakteri bertindak sebagai vektor untuk menyebarkan pagebluk. Gen ini bertanggung jawab dan efisien untuk mengantarkan bakteri ke inang manusia.
Kraues-Kyora menyimpulkan bahwa bakteri ini pada awalnya tak membutuhkan kutu itu. Dari RV 2039 hingga mewabah seperti abad pertengahan. Dalam jangka waktu 1.000 tahun, Y. pestis mengalami mutasi yang banyak agar bisa ditularkan lewat kutu.
Sebelumnya Yersina pestis juga sudah diketahui pernah menginfeksi manusia 5.000 tahun yang lalu berdasarkan penelitian DNA tahun 2015 di Cell (Vol. 163). Kemudian kemampuannya makin mengganas terjadi pada 4.000 tahun yang lalu.
Baca Juga: Ternyata, Pemakaman Korban Black Death Dilakukan Secara Hati-hati
Tetapi temuan terbaru ini pada RV 2039, para peneliti mengklaim temuannya sebagai galur tertua bakteri itu yang pernah ditemukan.
Kemungkinan yang dimiliki RV 2039 adalah bagian dari garis keturunan yang muncul sekitar 7.000 tahun yang lalu, tepatnya beberapa ratus tahun setelah Y. pestis berpisah dari pendahulunya: Yersina pseudotuberculosis.
"Apa yang sangat mengejutkan adalah bahwa kita sudah melihat pada galur kuno ini kurang lebih satuan genetik lengkap Y. pestis, dan hanya sedikit gen yang kurang," tambah Kraues-Kyora.
"Tetapi bahkan perubahan kecil dalam pengaturan genetik dapat memiliki pengaruh dramatis pada virulensi."
Baca Juga: Black Death dan Wabah Mematikan Bisa Terjadi Akibat Perubahan Iklim
Pada kasus RV 2039 sendiri, Y. pestis ditemukan di bagian aliran darah dengan jumlah bakterinya yang tinggi saat kematiannya. Para peneliti menyimpulkan pria ini meninggal akibat infeksi bakteri.
Dia kemungkinan digigit oleh hewan pengerat yang terinfeksi, dan mungkin tidak menyebar ke orang lain. Dapat dibuktikan dari tiga kerangka lainnya yang ditemukan tidak terinfeksi Y. pestis, sehingga kecil keumungkinannya untuk menular.
“Kasus-kasus penularan yang terisolasi dari hewan ke manusia dapat menjelaskan lingkungan sosial yang berbeda di mana manusia purba yang berpenyakit ini ditemukan," Krause-Kyora berpendapat.
Baca Juga: Wabah Mematikan yang Terjadi di Abad ke-14 Bukan Disebabkan Oleh Tikus
"Kami melihatnya di masyarakat penggembala di padang rumput, pemburu-pengumpul yang sedang memancing, dan di komunitas petani--sama sekali berbeda atas sistem sosial, tetapi kasus Y. pestis selalu terjadi spontan, "kata Krause-Kyora.
Mereka menyimpulkan, penelitian ini menjelaskan sejarah genom manusia terhadap Y. pestis. Patogen dan genom manusia selalu berevolusi dengan dengan bersama. Kemungkinan besar saat wabah hitam, dalam waktu singkat memberikan dampak besar pada genom kita.
"Tapi bahkan sebelum itu, kita melihat adanya pergantian besar akan gen kekebalan kita pada akhir zaman neolitikum. Dan bisa jadi, kita juga melihat perubahan signifikan dalam lanskap patogen di masa itu juga," pungkasnya.