Dukungan pemerintah daerah dalam upaya perlindungan pari manta, juga sangat besar pengaruhnya. Terbukti, dalam enam bulan terakhir, dua lokasi tujuan pariwisata bahari terbesar di Indonesia, yaitu Raja Ampat dan Manggarai Barat (salah satu kabupaten yang berada di Taman Nasional Komodo) telah berkomitmen untuk mengelola secara baik hiu dan pari manta yang ada di perairannya.
Bahkan Pemerintah Kabupaten Raja Ampat sudah mengeluarkan Peraturan Daerah No. 9/2012 tentang pelarangan penangkapan hiu, pari manta, dan jenis-jenis ikan tertentu.
Sedangkan Pemerintah Kabupaten Manggarai Barat, dalam waktu dekat berkomitmen mengeluarkan Peraturan Bupati tentang wilayah konservasi bagi hiu dan pari manta. Diharapkan, perlindungan terhadap hewan-hewan laut yang semakin langka ini tetap konsisten dan berkelanjutan.