Lokasinya sangat strategis karena di dekat Bandara Ngurah Rai dan Pelabuhan Benoa, dua fasiltitas publik penting di Bali.
Data Balai Pengelolaan Daerah Aliran Sungai (BP-DAS) Unda Anyar, total kawasan 1.373,5 hektare, lebih separuh kawasan hutan mangrove di Bali hingga 2013, seluas 2.115,7 hektare.
Selain di Prapat Benoa, nama lain hutan mangrove teluk ini, mangrove di Bali tersebar di enam tempat lain. Yakni, di Perancak dan Tuwed (Kabupaten Jembrana), tiga masuk kawasan Taman Nasional Bali Barat: Teluk Gilimanuk (Kabupaten Buleleng dan Kabupaten Jembrana), Teluk Trima dan Menjangan serta Teluk Banyuwedang. Lalu, di Sumberkima-Pejarakan (Kabupaten Buleleng) dan Nusa Lembongan dan Nusa Ceningan (Kabupaten Klungkung).
Hutan mangrove Benoa terluas. Ia membentang di enam desa di Denpasar, yaitu Sanur Kauh, Sidakarya, Sesetan, Serangan, Pedungan, dan Pemogan. Adapun yang masuk wilayah Badung meliputi Kuta, Tuban, Kedonganan, Jimbaran, dan Tanjung Benoa.
Bersama hutan mangrove di TNBB dan Nusa Lembongan, kawasan ini masuk hutan konservasi. Namun, Peraturan Presiden Nomor 51/2014 mengubah status hutan mangrove dari kawasan lindung menjadi kawasan budidaya.
Berdasarkan data BP-DAS Unda Anyar, luas hutan mangrove rusak berat di Prapat Benoa ini 253,4 hektare. Penyebab kerusakan hutan mangrove didominasi alih fungsi lahan. Dari 1.373,5 hektare, sekitar 193 hektare di kawasan hutan untuk kegiatan di luar sektor kehutanan. Misal, jalan, lagon, lapangan, tempat pembuangan akhir, instalasi pengolahan air limbah, dan lain-lain. Fasilitas itu dikelola pemerintah, badan usaha milik negara, maupun swasta.
Sedang kerusakan akibat perambahan hutan seluas 8,11 hektare. Ada 3,34 hektare kawasan hutan bersertifikat hak milik masyarakat. Padahal, lokasi di kawasan lindung.
Menurut wilayah, hutan mangrove di Kabupaten Badung, rusak berat 22,83 persen dan di Denpasar sebesar 13,13 persen. Titik hutan mangrove di Prapat Benoa yang rusak berat, yaitu Tanjung Benoa, Benoa, Serangan dan Pedungan.
Data BP-DAS mestinya menjadi peringatan buat menjaga hutan mangrove Benoa. Namun, kini ancaman lebih besar sedang mengincar Teluk Benoa, yakni, reklamasi oleh PT Tirta Wahana Bali International (PT TWBI) sekitar 800 hektar.