Mereka juga menemukan beberapa perbedaan protein antara gen pada Neanderthal dan manusia modern berkromosom Y. Tiga dari perubahan tersebut adalah mutasi pada gen yang dikenal menghasilkan minor histocompatibility antigens tertentu pada laki-laki.
Antigen yang berasal dari salah satu gen ini, dikenal sebagai KDM5D. KDM5D diperkirakan didapatkan dari respon imun pada beberapa ibu hamil terhadap janin laki-laki mereka dan menyebabkan keguguran.
"Tidak kompatibel pada satu atau lebih gen ini mungkin telah memainkan peran dalam mendorong manusia purba dan Neanderthal tuntuk kawin silang antara mereka," kata para ilmuwan.
"Sifat fungsional dari mutasi kami menemukan bahwa kromosom Y mungkin telah memainkan peran dalam hambatan aliran gen," tambah Dr. Bustamante. (Baca pula : Ilmuwan Buat Peta Persebaran Keturunan Neanderthal dan Denisovan)
Menurut tim, penelitian tambahan diperlukan untuk mengkonfirmasi peran mutasi kromosom Y dalam mengecilkan pembentukan Neanderthal dan Homo sapiens hybrid.