Selain itu, terdampar secara massal tidak hanya disebabkan oleh tersesat atau kesalahan menentukan kedalaman air. Bisa saja ada satu ekor atau lebih paus yang memang sakit, dan ketika mereka makin lemah, mencari perairan yang lebih dangkal sehingga lebih mudah bernafas ke permukaan.
Namun ketika tubuh mereka beristirahat pada permukaan keras untuk waktu yang lama, rongga dada mereka akan tertekan dan organ-organ dalam mereka pun rusak.
Efek sonar
Terkadang, kegiatan manusia dapat menyebabkan paus terdampar, khususnya kegiatan militer yang melibatkan penggunaan sonar. Hubungan ini pertama kali diungkapkan pada 1996 setelah latihan militer NATO di lepas pantai Yunani berlangsung bersamaan dengan terdamparnya 12 paus berparuh Cuvier. Sayangnya, hewan-hewan ini tidak sempat diperiksa dokter hewan.
Pada Mei 2000, kasus paus terdampar terjadi di Bahama bersamaan dengan aktivitas angkatan laut (AL) yang menggunakan sonar serupa. Ditemukan perdarahan pada sejumlah paus yang diperiksa, khususnya di telinga bagian dalam. Ini menandakan adanya trauma akustik.
(Baca juga: Migrasi Paus Bungkuk yang Menakjubkan dalam Tayangan Video)
Setelah kejadian serupa di Kepulauan Canary pada September 2002, dokter hewan juga mengidentifikasi gejala penyakit dekompresi yang artinya paus-paus itu tidak selalu mati karena terdampar, tapi mungkin saja terluka atau sudah mati lebih dulu di laut.
Banyak peneliti meyakini gelombang sonar mungkin memicu perilaku tertentu pada paus, yang mengganggu mereka dalam mengelola gas di dalam tubuh mereka. Akibatnya, kemampuan mereka menyelam dan timbul ke permukaan dengan aman pun terganggu.
Kebisingan dalam laut adalah masalah besar, yang muncul sebagai dampak kegiatan manusia memasukkan suara (dengan beragam intensitas dan frekuensi) ke dalam laut, yang berasal dari berbagai teknologi bahkan peledakan.
Gempa laut juga merupakan sumber kebisingan di bawah laut, yang juga bisa menyebabkan kerusakan fisik atau perilaku yang mengakibatkan paus terdampar, meski belum seorang pun yang membuat hubungan statistik di antara keduanya.
Ikatan sosial
Kasus terdamparnya paus di Aceh dan Selandia Baru, dengan keberhasilan menyelamatkan paus dalam jumlah signifikan, juga menimbulkan pertanyaan apakah beberapa hewan yang sehat hanya mengikuti yang sakit ke daerah berbahaya.