Dalam banyak kasus pelestariannya sangat baik sehingga para pencari dapat membaca prasasti pada benda-benda tersebut. "Dengan ditemukannya prasasti, adalah mungkin untuk menentukan lokasi pembuatan meriam kapal: di Seville dan Cádiz, pada tahun 1655," kata Laksamana José Joaquín Amézquita, direktur jenderal maritim angkatan laut Kolombia, dalam sebuah pernyataan.
"Anda juga dapat melihat berbagai objek emas, termasuk 'macuquinas' (sejenis koin) dan tanggal pembuatannya."
Para ahli berpikir bahwa bangkai kapal dan artefaknya mungkin terawetkan dengan baik karena San José tenggelam ke kedalaman yang cukup dalam, sekitar 2.000 kaki (600 meter) -jauh di bawah jangkauan sinar matahari yang menopang banyak organisme laut.
Pakar angkatan laut juga menemukan dua bangkai kapal lain di dasar laut di dekatnya. Salah satu kapal dari masa kolonial (dari kedatangan Spanyol sekitar tahun 1525 hingga awal 1800-an) dan yang lainnya adalah sekunar berusia sekitar 200 tahun. Asal-usul kedua kapal tidak diketahui.