Meski membuat sejumlah masyarakat Hindia Belanda bisa merasakan euforia tim nasionalnya bisa tampil di ajang sebesar Piala Dunia, itu tak dapat menampik adanya hubungan yang keruh kemudian antara NIVU dengan PSSI.
PSSI menuduh bahwa NIVU tidak banyak melibatkan pemain "asli" (pribumi) dalam skuad, hanya 5 pemain asli pribumi yang masuk ke dalam skuad.
Akibat sejumlah tuduhan yang dilontarkan kepada NIVU, hubungan mereka akhirnya berakhir. PSSI "mengakhiri kerjasama dengan NIVU pada tahun 1939," tutupnya.