Invasi Jepang Pertama
Pada tahun 1592 dan 1597, Jepang di bawah Toyotomi Hideyoshi menggunakan pasukan samurai untuk menyerang Dinasti Joseon. Tujuan utamanya adalah untuk menaklukkan Dinasti Ming Tiongkok.
Kapal Jepang, dipersenjatai dengan meriam Portugis, merebut Pyongyang dan Hanseong (Seoul). Jepang yang menang akhirnya memotong telinga dan hidung lebih dari 38.000 korban Korea. Orang Korea yang diperbudak bangkit melawan pemilik mereka untuk bergabung dengan penjajah, membakar Gyungbokgung.
Joseon diselamatkan oleh Laksamana Yi Sun-sin, yang memerintahkan pembangunan kapal penyu, kapal besi pertama di dunia. Kemenangan Laksamana Yi pada Pertempuran Hansan-do memutus jalur pasokan Jepang dan memaksa mundurnya Hideyoshi.
Invasi Manchu
Joseon Korea menjadi semakin terisolasi setelah mengalahkan Jepang. Dinasti Ming di Tiongkok juga dilemahkan oleh upaya melawan Jepang. Tidak lama kemudian, Dinasti Ming jatuh ke tangan Manchu. Dinasti Manchu pun menguasai Kekaisaran Tiongkok dengan mendirikan Dinasti Qing.
Korea, yang mendukung Dinasti Ming, memilih untuk tidak membayar upeti kepada dinasti Manchuria yang baru.
Pada 1627, pemimpin Manchu Huang Taiji menyerang Korea. Namun, khawatir tentang pemberontakan di Kekaisaran Tiongkok, Qing mundur setelah menyandera seorang pangeran Korea.
Orang Manchu menyerang lagi pada tahun 1637 dan menghancurkan Korea utara dan tengah. Penguasa Joseon harus tunduk pada hubungan anak sungai dengan Qing Tiongkok.
Kemunduran dan pemberontakan
Sepanjang abad ke-19, Jepang dan Dinasti Qing Tiongkok bersaing memperebutkan kekuasaan di Asia Timur.
Pada tahun 1882, tentara Korea yang marah karena pembayaran terlambat dan beras kotor pun bangkit. Para tentara membunuh seorang penasihat militer Jepang dan membakar kedutaan Jepang. Peristiwa ini dikenal sebagai Pemberontakan Imo. Akibat Pemberontakan Imo ini, baik Jepang maupun Tiongkok meningkatkan kehadiran mereka di Korea.