Namun, strategi ini secara tidak sengaja memicu penyebaran wabah dengan cepat, karena kota yang padat penduduk, dengan sumber daya yang terbatas, menjadi tempat berkembang biaknya penyakit.
Ketika wabah terus berlanjut, Pericles menghadapi banyak kritik dan ketidakpuasan publik. Strategi yang dimaksudkan untuk melindungi Athena telah menjadi kutukannya.
Semangat kota anjlok. Kepercayaan terhadap kepemimpinan Periclean goyah. Namun, di masa-masa sulit ini, Pericles menunjukkan kualitas yang menjadikannya negarawan terkemuka di Athena.
Dia menyampaikan Orasi Pemakaman yang terkenal, sebuah pidato yang berupaya untuk membangkitkan semangat orang-orang Athena, mengingatkan mereka akan warisan budaya dan demokrasi mereka yang unik dan mendesak mereka untuk bertahan dalam menghadapi kesulitan.
Tragisnya, wabah tersebut merenggut Pericles sebagai salah satu korbannya. Kematiannya menandai berakhirnya era Athena. Pemimpin visioner, yang telah membentuk masa keemasan kota ini, kini telah tiada, meninggalkan kekosongan kepemimpinan setelahnya.
Pada tahun-tahun berikutnya, Athena akan melihat serangkaian pemimpin, namun tidak ada yang bisa menandingi status dan visi Pericles.
Kematiannya, ditambah dengan tantangan wabah yang terus berlanjut menyebabkan perubahan dalam strategi dan kebijakan Athena, dengan pengambilan keputusan yang seringkali tidak menentu dan impulsif.
Salah satu teori paling awal dan paling bertahan lama menyatakan bahwa Wabah Athena adalah wabah penyakit pes, yang disebabkan oleh bakteri Yersinia pestis.
Para pendukung teori ini menyamakan gejala yang dijelaskan oleh Thucydides dan gejala penyakit pes, khususnya adanya pembengkakan kelenjar getah bening atau bubo.
Namun, para kritikus berpendapat bahwa gejala-gejala tertentu dari wabah Athena, seperti timbulnya dan perkembangan penyakit yang cepat, tidak sejalan dengan wabah pes.
Tifus, penyakit yang disebabkan oleh bakteri Rickettsia prowazekii dan ditularkan oleh kutu, juga diduga sebagai penyebabnya. Kondisi yang terlalu padat di Athena, yang diperburuk oleh masuknya penduduk pedesaan selama perang, akan menyebabkan penyebaran kutu.
Gejala tifus, termasuk demam tinggi, ruam, dan efek neurologis, sejalan dengan deskripsi Thucydides.