Banyak pasukan profesional dan elit Kekaisaran Bizantium tewas di Manzikert, dan Alp Arslan baru membebaskan Romanos setelah kaisar setuju untuk menyerahkan wilayah penting Bizantium.
Akibat dari pertempuran tersebut
Konsekuensi langsung bagi Kekaisaran Bizantium adalah krisis kepemimpinan. Kaisar Romanos IV Diogenes, setelah dibebaskan oleh Alp Arslan kembali ke Konstantinopel hanya untuk mendapati posisinya direbut dan otoritasnya dirusak.
Upaya selanjutnya untuk merebut kembali takhta gagal. Akhirnya menyebabkan Romanos ditangkap dan diperlakukan secara brutal oleh musuh-musuh politiknya, yang berpuncak pada kematiannya pada tahun 1072.
Kekosongan kekuasaan dan perselisihan internal setelah jatuhnya Romanos menjerumuskan Kekaisaran Bizantium ke dalam periode ketidakstabilan.
Beberapa pemberontakan militer dan perang saudara pun terjadi, melemahkan kemampuan kekaisaran untuk mempertahankan wilayahnya.
Kekacauan ini sangat kontras dengan konsolidasi kekuasaan Turki Seljuk di bawah pemerintahan Alp Arslan. Kemudian penggantinya Malik Shah I.
Seljuk memanfaatkan kelemahan Bizantium, terus maju ke Anatolia dan menguasai sebagian besar wilayah tersebut.
Hilangnya Anatolia merupakan pukulan telak bagi Kekaisaran Bizantium. Anatolia pernah menjadi jantung kekaisaran, sumber tenaga kerja dan sumber daya yang penting.
Masuknya masyarakat Turki dan penyebaran Islam secara bertahap mengubah lanskap demografi dan budaya wilayah tersebut.
Selain itu, melemahnya kendali Bizantium di Mediterania timur membuka pintu bagi kekuatan lain untuk bangkit.
Bangsa Normandia, memanfaatkan kesibukan Bizantium di timur, memperluas pengaruh mereka di Italia dan Balkan. Dalam jangka panjang, pergeseran perimbangan kekuatan berkontribusi terhadap terjadinya Perang Salib, seiring upaya Kristen Barat untuk merespons dinamika perubahan di Timur.