Seperti dilansir dari Aquarium of Pacific, ikan badut adalah hermafrodit protandrous, artinya semuanya berkembang sebagai jantan tetapi memiliki kemampuan untuk berubah menjadi betina.
Kelompok ikan badut yang tinggal bersama di anemon inang biasanya terdiri dari pasangan yang sedang berkembang biak dan beberapa individu muda (non-breeders).
Ikan terbesar dalam pasangan adalah betina. Dia mengendalikan jantan dominan agar tidak berubah menjadi betina, sementara jantan mengendalikan individu muda agar tidak menjadi jantan dewasa.
Jika sesuatu terjadi pada betina, jantan pasangan berkembang biak akan berubah menjadi betina dengan cepat dan ukurannya bertambah besar. Jantan terbesar berikutnya biasanya menjadi jantan yang berkembang biak.
Proses kawin dimulai tiga hingga lima hari sebelum pemijahan dan melibatkan gigitan pada substrat seperti batu dan karang, perluasan sirip, dan saling kejar. Awalnya, jantan mempersiapkan sarang di permukaan batu atau karang dekat anemon, seringkali tepat di bawah tentakel anemon atau di dasarnya.
Saat pemijahan semakin dekat, betina membantu membersihkan sarang dari kotoran dan alga. Sarang dapat mencakup area 4-10 cm.
Pasangan yang berkembang biak mulai menggigit tentakel anemon yang berada dekat lokasi pemijahan, menyebabkan tentakel tersebut sebagian tertarik sehingga area sarang lebih terbuka.
Betina berlari-lari di atas sarang, berenang dengan perutnya menggosok-gosok di atas sarang. Akhirnya, dia mendorong perutnya ke sarang dan dengan sirip dada, melepaskan jejak telur. Filamen kecil di ujung telur menempel pada substrat.
Jantan berenang di belakang betina dan membuahi telur-telur tersebut. Antara 100 hingga 1000 telur diletakkan dalam beberapa kali pemijahan, jumlahnya tergantung pada usia betina.
Betina yang lebih tua biasanya meletakkan lebih banyak telur. Warna awal telur berubah dari merah muda hingga oranye menjadi abu-abu atau cokelat tua, dan sebelum menetas, berubah menjadi perak.
Selama enam hingga tujuh hari berikutnya, jantan menjaga sarang dengan jarang dibantu oleh betina. Dia mengayuh telur-telur dengan sirip dadanya untuk mengudara dan membersihkannya dari kotoran yang menempel, memakan telur yang tidak subur atau rusak, dan dengan agresif mengusir predator.
Telur menetas segera setelah matahari terbenam. Setelah menetas, larva diangkut oleh arus laut ke kolom air tengah hingga atas, di mana fase larva mereka akan berlangsung selama sekitar tujuh hari. Kemudian, mereka menjadi penghuni dasar laut yang mencari anemon inang mereka sendiri.
Jika beruntung menemukan anemon sebelum dimangsa oleh predator atau diusir oleh penduduk anemon saat ini, mereka akan menjadi anggota termuda dan terendah dalam komunitas, mungkin dengan harapan akhirnya menjadi betina dominan.