Laporan Gubernur Jenderal kepada menteri jajahan (berdasarkan laporan-laporan antara lain dari Raad van Nederland-Indie, Adviseur voor Inlandse Zaken, Directeur van Onderwijs en Eredienst), telah menyarankan supaya petisi ditolak dengan alasan isi kurang jelas.
Pada tanggal 14 November 1938, ketidakjelasan ini diubah menjadi Keputusan Kerajaan no. 40. Secara singkat dinyatakan bahwa kata-kata dalam petisi tersebut tidak benar secara hukum dan 'karena alasan ini saja permintaan tersebut tidak dapat dikabulkan'.
Alasannya sederhana, "bahwa bangsa Indonesia belum matang untuk memikul tanggung jawab memerintah diri sendiri".
Tentu, penolakan ini menimbulkan gejolak dan tindakan represif kemudian. Menandai kondisi paling teruk dalam sejarah perpolitikan Hindia Belanda. Berbagai partai yang apatis mulai terbangun dan membentuk partai gabungan, GAPI (Gabungan Politik Indonesia).
Meski demikian, spirit Petisi Soetardjo yang menang dalam pergolakan akar rumput, menggambarkan cita besar sebuah bangsa yang berkeinginan untuk berdiri dengan kakinya sendiri, berdaulat sebagaimana negara merdeka yang independen.