Kecurigaan terhadapnya dikonfirmasi setelah Kidd berlayar ke St. Mary's di Madagaskar pada 1697 yang terkenal sebagai surganya bajak laut. Sebelum ia melanjutkan perjalanan ke Hindia Barat dan bertemu Quedagh Merchant.
Baca Juga: Foto-foto dari Penemuan Makam Tutankhamun Pada 1922 Dibuat Berwarna
Pada 8 Mei 1701, Kidd mejalani pengadilan. Kejahatannya dan koneksi dengan elit Inggris dan pejabat pemerintah menyebabkan sensasi. Dia dinyatakan bersalah dan digantung pada 23 Mei 1701 atas lima tuduhan pembajakan dan satu tuduhan pembunuhan awak kapal.
Tubuhnya digantung di sangkar dan dibiarkan membusuk di sepanjang Sungai Thames agar semua orang bisa melihat dan menjadi peringatan kepada bajak laut lainya.
Kematian Kidd meninggalkan sebuah legenda lantaran ia menyimpan harta karun di Karibia. Akibatnya, para pemburu harta karun berusaha untuk mencarinya. Walaupun tidak ada yang pernah menemukanya.