Adalah penting untuk tidak melebih-lebihkan bahwa betapa saat itu Darwin mampu mengenali, apa lagi menafsirkan fosil yang ditemukannya. Sebagian besar fosil yang ditemukannya, selain Megatherium, berasal dari binatang yang belum dikenal oleh para pakar, sementara Darwin bukan seorang pakar. Dia bukan ahli anatomi perbandingan seperti Cuvier yang tersohor; dia tidak terlalu tahu tentang mamalia; dan kata “paleontolog” belum digunakan pada masa itu. Darwin memercayakan deskripsi dan identifikasi fosil-fosilnya kepada seorang ahli anatomi muda yang brilian di London bernama Richard Owen, seorang pakar tentang mamalia-punah yang sedang naik daun. Owenlah yang memberi nama kepada sloth tak dikenal itu dan Owen yang mengajukan pendapat (secara keliru, kemudian dikoreksinya sendiri) tentang hubungan antara Macrauchenia dan unta.
Darwin sendiri bukan pakar seperti Owen. Dia hanyalah orang lapangan yang cermat, rakus akan spesimen, dan belajar sambil jalan. Undangan Beagle menyelamatkan Darwin dari masa depan sebagai pendeta desa yang tidak cocok untuknya dan sejak hari-hari pertamanya di atas kapal, dia bekerja dengan rajin dan cepat matang sehingga mampu mengambil (dan kemudian melampaui) peran sebagai naturalis kapal itu. Kualifikasi terbaik Darwin untuk menafsirkan fosil adalah rasa ingin tahunya yang besar, bakatnya akan pengamatan yang cermat, dan naluri bahwa semua hal dalam alam ini entah bagaimana berkaitan satu sama lain. Di samping itu, dia tidak takut berspekulasi dengan berani—sepanjang dilakukannya secara diam-diam.
Datum kecil, tetapi penting lainnya diperoleh Darwin beberapa bulan kemudian, saat Beagle singgah di dekat Patagonia bagian utara dan Darwin menghabiskan waktu di darat bersama sekelompok gaucho lain yang simpatik. Awalnya cuma desas-desus: Para gaucho menyinggung jenis burung unta yang langka, lebih kecil dari yang biasa, kakinya lebih pendek, dan lebih mudah dibunuh dengan bandering mereka, tetapi selain itu serupa. Kemungkinan dalam menemukan burung itu luput dari pikiran Darwin sampai salah satu rekan awak kapalnya menembak “burung unta” yang lebih kecil itu (rhea yang berbeda) untuk diambil dagingnya. Darwin tidak terlalu mengacuhkannya, menganggap burung tersebut masih muda. !break!
“Burung itu sudah selesai dikuliti dan dimasak sebelum aku teringat,” tulis Darwin dalam sebuah catatan yang sangat hidup sehingga kita hampir bisa membayangkan dia menepuk jidatnya. “Namun, kepala, leher, kaki, sayap, banyak dari bulu yang besar, serta sebagian besar kulit telah diawetkan.” Dia menyelamatkan sisa-sisa tersebut dan mengirimkannya ke Inggris. Di sana, potongan-potongan itu dijahit menjadi spesimen yang cukup utuh bagi museum Zoological Society. Ahli ornitologi John Gould yang kelak dikirimi Darwin pipit dan mockingbird Galápagos untuk diidentifikasi, juga pertama kali melihat makhluk ini. Gould memastikan bahwa ini adalah spesies yang berbeda dan menyebutnya Rhea darwinii (nama ini kemudian berubah karena hal teknis taksonomi) berdasarkan nama si lelaki yang menyelamatkannya dari tumpukan sampah.
Yang paling menarik perhatian Darwin tentang kedua spesies rhea tersebut adalah, walaupun keduanya sangat mirip, irisan distribusi geografinya sangat kecil. Rhea besar mendiami Pampas dan Patagonia utara, ke selatan hingga Río Negro di Argentina yang mengalir ke laut pada sekitar 41° lintang selatan; rhea kecil menggantikan yang besar di seberang Río Negro dan mendiami Patagonia selatan. Bersama dengan bukti mamalia Amerika Selatan yang punah, implikasi keanekaragaman dan distribusi rhea sama meyakinkannya bagi Darwin dengan pola yang kemudian ditemukannya di antara burung pipit dan mockingbird Galápagos.
Bagaimana spesies berasal, dan bagaimana sehingga hidup di tempatnya sekarang? Kisah yang umum yang tetap dianut erat oleh ilmu pengetahuan Eropa di saat pengarungan Beagle adalah bahwa Tuhan menciptakan spesies secara sendiri-sendiri, dalam kelompok-kelompok (untuk mengganti yang punah), dan memilih untuk menempatkannya hampir secara sembarang di tempatnya masing-masing—kanguru di Australia, jerapah dan zebra di Afrika, rhea, sloth, dan armadillo di Amerika Selatan, makhluk yang masih hidup dan punah berkumpul dengan erat dalam ruang dan waktu.
Namun bagi Darwin, baik mamalia yang telah punah (bersama jenisnya yang masih hidup di antara sloth dan armadillo) dan kedua jenis rhea (menempati kawasan habitat yang berdampingan) menandakan sesuatu yang lebih rasional: gagasan tentang hubungan dan suksesi di antara spesies yang berkerabat dekat. Sloth pohon dan armadillo yang hidup sekarang sepertinya melanjutkan bentuk sebelumnya, mendiami medan yang kurang-lebih sama dalam kala yang berbeda dalam sejarah Bumi. (Jenis-jenis sloth yang lebih awal itu adalah sloth sejati; makhluk berperisai yang lebih awal itu sekarang dikenal sebagai glyptodont, satu familia yang berbeda tetapi sangat dekat dengan armadillo yang hidup sekarang.)
Kedua rhea, serupa tapi tak sama, kemungkinan adalah keturunan satu sama lain—namun dalam ruang, di sepanjang dimensi horizontal lanskap. Pengelompokan dalam ruang dan waktu seperti itu menunjukkan bahwa setiap kelompok berasal, dengan modifikasi, dari nenek moyang yang sama: rhea dari rhea, sloth dari sloth yang lebih awal, armadillo dari pendahulu yang mirip armadillo atau glyptodont, mungkin jauh lebih besar daripada armadillo yang hidup saat ini. Itulah penjelasan yang menurut Darwin paling tepat, karena agaknya lebih efisien, lebih induktif, dan lebih meyakinkan daripada skenario penciptaan.!break!
Sepenting apa peran data Amerika Selatan itu dalam menggoyahkan keyakinan Darwin terhadap pandangan ortodoks—meyakinkan bahwa evolusi adalah kenyataan yang seharusnya dia cari penjelasan materialnya? Darwin sendiri memberi beberapa jawaban atas pertanyaan itu sepanjang hidupnya. Intinya, jawabannya berkisar antara sangat penting, tetapi tak sepenting burung-burung Galápagos, hingga, sangat krusial, titik.
Darwin mengisyaratkan tentang teori evolusi pada 1845, dalam edisi kedua kisah Beagle-nya yang dia revisi untuk menyertakan petunjuk samar tentang teori yang belum siap dia lansir tersebut. Hubungan antara fosil dan yang hidup sekarang di antara binatang pengerat, sloth, unta, dan armadillo merupakan “fakta yang paling menarik,” tulisnya. Pekerjaan lebih lanjut yang dilakukan oleh peneliti lainnya mengungkap pola yang sama di Brasil—pada fosil dan binatang yang hidup yaitu pemakan semut (anteater), monyet, pikari (jenis babi), dan possum. “Hubungan mengagumkan antara yang mati dan yang hidup di satu benua ,” tulis Darwin, akan “semakin menyinari kemunculan makhluk hidup serta kepunahannya di Bumi kita, dibanding jenis informasi yang lain.” Namun sinar yang seperti apa? Apa yang akan terlihat? “Menyinari” adalah salah satu metafora yang disukainya dan kata itu akan muncul kembali, tetapi baru lima belas tahun kemudian—setelah dia siap menyorotkan sinar teorinya yang menyilaukan ke muka umum.
Ada pertanyaan lain yang mengusik tentang rhea dan fosil Amerika Selatan: kapan bukti tersebut dipahami Darwin sehingga mengarahkannya ke gagasan tentang evolusi? Pandangan yang umum diterima adalah saat kembali dari pelayaran Beagle, dia belumlah menjadi penganut evolusi, dia hanya terusik dan dibingungkan oleh apa yang telah dilihatnya, dan dia melakukan lompatan besar ke pemikiran evolusi setelah berkonsultasi di London dengan John Gould dan Richard Owen, tentang spesimen fosil dan burung yang sudah dia kirim kepada mereka (tak lama setelah itu dia mulai menggunakan istilah baru untuk proses tersebut: “transmutasi”). Namun tidak semua orang setuju.
“Saya kira secara pribadi dia telah menganut paham ini lebih awal,” ujar seorang sejarawan paleontologi yang bernama Paul D. Brinkman. Kami duduk di kantornya di North Carolina Museum of Natural Sciences di Raleigh, ditemani potret Darwin muda, poster film Jurassic Park, dan foto-foto spesimen sloth tanah dan glyptodont yang sudah tua. “Mengapa ada kemiripan antara fosil fauna dan fauna yang hidup di kawasan ini? Mengapa satwa-satwa itu demikian serupa?” ujar Brinkman, mengajukan ulang pertanyaan yang mungkin timbul di benak Darwin. Pengerat purba dan agouti modern, glyptodont dan armadillo—mengapa? “Saya kira, salah satu penjelasan yang mungkin dipertimbangkan Darwin, bahkan seawal tahun 1832, adalah spesies tersebut merupakan keturunan yang lain. Transmutasi.” Namun, bahkan Brinkman pun mengakui bahwa hanya ada bukti lemah, “tidak ada bukti pasti,” untuk hipotesisnya bahwa Darwin telah menganut evolusionisme jauh sebelum berjalan di pantai Galápagos.