Baca Juga: Zwarte Sinterklaas, Eksodus Masyarakat Sipil Belanda dari Indonesia
Selepas isu garis demarkasi, van Mook lantas mengundurkan diri dari jabatannya sebagai Gubernur Jenderal Hindia-Belanda. Pihak Belanda sendiri kemudian mencurigai dan membenci dirinya. Pemerintah Belanda mencurigai sikapnya yang ingin menguasai Republik Federal di Batavia tanpa bayang-bayang dari Pemerintah Belanda.
Ada pula sumber yang menyebut bahwa van Mook telah menyadari kesalahannya setelah melihat bangsa Indonesia yang kembali ingin bersatu meski dipecah belah garis demarkasi. Mungkin saja, karena dia lahir dan besar di tanah Jawa. Ia pun memutuskan untuk menjadi dosen di Cornell University, Amerika Serikat, pada tahun 1951.
Hubertus van Mook wafat pada 10 Mei 1965 di Prancis. Sesudah wafatnya, banyak penulis yang menulis tentang seluk beluk hidupnya dan jejak birokrasi politiknya di Hindia-Belanda. Salah satu penulisnya adalah George Kahin, mahasiswanya dulu saat Ia masih mengajar di Cornell University.