Tekanan pada Rudolf II untuk mengatasi ketegangan agama ini meningkat. Namun dia malah mengejar ilmu gaib. Seseorang seharusnya tidak menyalahkan Rudolf II terlalu keras karena dia adalah seorang pria Renaisans, dan banyak pemikir besar pada masa itu terlibat dalam praktik okultisme.
Paracelsus tertarik pada okultisme, dan Michael Scott, penyihir mempesona yang mengajari Kaisar Romawi Frederick II. Tidak ada yang aneh dengan ketertarikan Rudolf pada ilmu gaib. Namun, alih-alih menjalankan tugasnya sebagai kaisar, ia mengundang para alkemis ke istananya di Praha. John Dee dan Edward Kelly mengunjungi Rudolf II dan berpartisipasi dalam pertemuan misterius. Kaisar Suci mempekerjakan sekitar 50 alkemis yang memproduksi emas dan mencari cara untuk merumuskan ramuan kehidupan.
Rudolf II adalah pelindung seni Renaisans sejati, tetapi kesehatan yang buruk dan ketidakpopuleran mencegahnya menahan konflik agama yang akhirnya menyebabkan Perang Tiga Puluh Tahun (1618–48).
Dia mengecewakan banyak orang yang mengira dia bisa memperkuat Dinasti Habsburg. Sudah lama direncanakan dia akan menikahi putri Spanyol La Infanta, Isabella Clara Eugenia. Ikatan ini akan memberi Dinasti Habsburg sebuah imperium yang mencakup hampir separuh Eropa, tetapi La Infanta bosan dengan ketidakamanan Rudolf dan malah menikahi saudaranya.
Kaisar Suci tidak pernah menikah secara resmi, tetapi menurut beberapa sumber, dia menikahi seorang wanita miskin secara diam-diam dan memiliki antara lima hingga delapan anak dengannya.
Baca Juga: Celana dan Sepatu Bot, Simbol Barbarisme di Zaman Romawi Kuno
Depresi panjang Rudolf II, kehidupan dalam pengasingan, dan kurangnya minat dalam politik dan ekonomi membuat para adipati agung Habsburg tidak puas. Mereka memutuskan untuk mempercayakan pelaksanaan urusan Hongaria kepada saudaranya Matthias pada tahun 1605.
Ketidakstabilan mental Rudolf II semakin memburuk hingga ia menghabiskan seluruh waktunya dalam tahanan rumah di kastil di Praha. Meski demikian, dia mempertahankan gelar resmi Kaisar Romawi Suci sampai akhir hayatnya pada tahun 1612 di usia 59 tahun. Dia meninggal sebagai orang sakit dan tidak bahagia, tapi setidaknya dia dikelilingi oleh semua benda berharga dan tidak biasa yang sangat dia cintai.
Mungkin akan hancur hatinya jika dia mengetahui harta karunnya yang luar biasa dijarah pada tahun 1648 oleh pasukan Swedia ketika Praha direbut, hanya sebagian darinya yang saat ini masih ada dalam koleksi Wina.
Baca Juga: Lapis Niger dari Romawi, Tempat Suci Misterius yang Dilupakan