Baca Juga: Temuan Kompleks Kuno Bawah Tanah, Diduga Tempat Kultus Kesuburan
Baca Juga: Temuan Ruang Rahasia Ungkap Penggunaan Politik Lunak Kerajaan Asyur
Baca Juga: Gua Bawah Tanah Mars Bisa Jadi Tempat Perlindungan dari Radiasi
Baca Juga: Temuan Sabuk Perunggu Prajurit Urartu di Kota Kuno Satala, Turki
Masih samar mengenai petunjuk siapa yang membangun kota di bawah tanah ini. Departemen Kebudayaan Turki mengklaim kota bawah tanah Derinkuyu dibangun 2.800 tahun yang lalu oleh orang Frigia Indo-Eropa. Luasnya diperlebar selama era Bizantium, mungkin oleh orang-orang Kristen awal-awal yang menggunakannya sebagai tempat persembunyian untuk menghindari penganiayaan Romawi.
Ada juga dugaan bahwa tempat ini jadi persembunyian orang Kristen di masa Kesultanan Ottoman, yang dibuktikan dengan gereja di lantai paling bawah. Tanah itu kemudian ditinggalkan pada tahun 1923 setelah pengusiran orang-orang Kristen oleh pemerintah Turki, hingga akhirnya ditemukan kembali pada 1960-an.
Teori lain menyatakan bahwa kota-kota bawah tanah ini dibentuk selama Peristiwa Dryas Muda sekitar 14.500 tahun silam. Peristiwa itu adalah ketika sebuah komet pecah dan mengirimkan potongan-potongannya yang meledak di atmosfer, sehingga matahari tertutup berbulan-bulan lamanya.