Berkat kegigihan pertahanan yang dibangun pesantren, sejumlah serangan itu dimuntahkan dan tetap membuat Batu Ilek berdiri tegap. Tembakan jarak jauh yang dinilai gagal, kembali diupayakan dengan melakukan serangan jarak dekat.
Salah satu pasukan marsose yang didatangkan dari Ambon, berhasil merangsek masuk ke dalam benteng pertahanan. Namun, sejumlah santri dengan tegap menghadang pasukan yang berupaya merusak pondok pesantren mereka.
Upaya gigih santri membuat sejumlah pertarungan sengit dengan pasukan militer terlatih marsose, mereka tetap berhasil menerobos pertahanan para santri dan merusak sebagian infrastruktur pondok.
Melihat sejumlah santrinya mati terbunuh, sang kiai berinisiatif untuk melemparkan obor ke gudang mesiu yang terletak di wilayah pondok. Obor itu yang kemudian meledakkan sebagian ruang di Batu Ilek, utamanya pasukan marsose yang sedang melakukan pengrusakan.
Meski takluk dan hancur, peristiwa pemberontakan dan perlawanan santri di pesantren Batu Ilek menjadi salah satu kisah heroik yang mewarnai perjuangan umat Islam, sekaligus perjuangan bangsa Indonesia dalam menentang kekuasaan yang mengekang oleh pemerintah kolonial.