Putri Nefertiti lainnya, Ankesenenpaaten menjadi Ankhesanamun setelah kematian ayahnya, mencerminkan kembalinya Mesir ke politeisme. Beberapa saat setelah pemerintahan singkat Raja Smenkhkare dan Neferneferuaten, dia menikah dengan saudara tirinya Tutankhamun , menjadi Istri Kerajaan Agung.
Namun, pernikahan Akhenaten dengan Nefertiti tidak pernah dikaruniai anak laki-laki. Pada akhirnya, sang firaun penerus, Tutankhamun atau disebut "Raja Tut", merupakan putra Akhenaten dari salah satu selirnya yang lebih rendah.
Meskipun Nefertiti dan Akhenaten memerintah Mesir Kuno pada saat kekayaan yang belum pernah terjadi sebelumnya, "agama baru mereka meresahkan kekaisaran," ungkap Margherita dalam tulisannya.
Adapun keadaan seputar kematian Nefertiti menjadi sebuah misteri dan teka-teki besar yang menyelimutinya. Hal itu terjadi karena namanya menghilang dari catatan sejarah sekitar tahun ke-12 dari 17 tahun pemerintahan Akhenaten.
Sebuah teori populer menunjukkan bahwa Nefertiti melepaskan gelar lamanya pada saat itu dan menjadi wakil bupati resmi dengan nama Neferneferuaten.
Beberapa ilmuwan juga mengusulkan bahwa Nefertiti benar-benar menjabat sebagai firaun perempuan Neferneferuaten, yang diketahui ahli Mesir Kuno sebagai penguasa perempuan yang memerintah menjelang akhir Periode Amarna.