Saat Seti II meninggal, Twosret menjadi bupati pertama bagi putranya Siptah bersama dengan Chancellor Bay, juga disebut Ramses Khamenteru. Dia adalah seorang pejabat penting yang menjadi terkenal dan menjabat tinggi di bawah Seti II.
Firaun Siptah baru berusia 6 tahun ketika dia naik takhta dan dia sangat sakit, terlahir cacat dengan kaki pengkor.
Twosret yang bukan ibunya harus bertindak sebagai wali anak laki-laki itu. Pada saat yang sama, dia dinobatkan sebagai Istri Dewa Amun di Thebes dan harus pindah dari istana harem Pi-Ramesse di Utara ke Thebes di Selatan.
Tampaknya ini adalah awal dari eksploitasi Twosret oleh Chancellor Bay. Seperti yang ditulis Kara Cooney dalam bukunya When Women Ruled the World;
“Semua bukti menunjukkan bahwa Bay-lah yang benar-benar mengendalikan negara. Bahkan jika Twosret diterima sebagai wali Siptah oleh orang Mesir — karena dia memang menyandang gelar 'Wanita Bangsawan Agung di Setiap Tanah...."
Chancellor Bay dieksekusi atas perintah Siptah selama tahun kelima firaun sebagai penguasa. Sebuah prasasti kuno pada ostracon yang ditemukan di desa Mesir kuno Deir El-Medina berbunyi:
“Tahun 5 III Shemu tanggal 27. Pada hari ini, juru tulis makam Paser datang mengumumkan 'Firaun, kehidupan, kemakmuran, dan kesehatan, telah membunuh musuh besar Bay'”
Meskipun Siptah disebut dalam pembunuhan Bay, kemungkinan besar Twosret memainkan peran penting dalam keputusan firaun untuk menyingkirkan kanselir.
Diyakini Twosret menjelaskan kepada firaun muda bahwa dia dimanfaatkan oleh Bay untuk mendapatkan lebih banyak kekuatan.
Ketika Siptah meninggal, Twosret secara resmi naik takhta untuk dirinya sendiri dan dinyatakan sebagai firaun, tetapi memerintah Mesir jauh dari mudah.
Karena Maat, konsep agama terpenting orang Mesir kuno, wanita dulu memiliki hak yang sama dengan pria, tetapi sekarang tidak lagi.
Firaun Akhenaten dan periode Amarna telah meninggalkan jejak abadi di Mesir. Orang Mesir skeptis terhadap firaun perempuan. Negara membutuhkan seorang penguasa, tetapi sistem politik Ramesside tidak menyukai perempuan yang berkuasa.