Nama Honjo Masamune diambil dari nama seorang jenderal bernama Honjo Shigenaga. Jenderal ini hidup pada abad 16 dan 17 M dan melayani klan Uesugi di Jepang utara. Shigenaga memiliki pedang ini setelah Pertempuran Kawanakajima ke-4 pada tahun 1561.
Selama pertempuran, pedang itu menjadi milik seorang jenderal musuh, yang menantang Shigenaga untuk berduel. Dalam duel tersebut, musuh Shigenaga berhasil membelah helm samurai menjadi dua. Namun pada akhirnya, Shigenaga muncul sebagai pemenang, dan mengklaim pedang musuhnya sebagai hadiah.
Shigenaga menyimpan pedang samurai tersebut selama bertahun-tahun sebelum menjualnya ke klan Toyotomi sekitar akhir abad ke-16 M, yang merupakan penguasa Jepang saat itu. Setelah jatuhnya Toyotomi, pedang samurai diakuisisi oleh shogun baru Jepang, Tokugawa Ieyasu.
Pedang samurai menjadi harta keluarga, dan simbol Dinasti Tokugawa. Oleh karena itu, Honjo Masamune diturunkan dari satu shogun ke shogun berikutnya. Bahkan setelah jatuhnya Keshogunan Tokugawa pada tahun 1868, pedang tersebut tetap berada dalam kepemilikan keluarga tersebut.
Hilang Misterius
Tercatat sekitar akhir Perang Dunia Kedua, Honjo Masamune dimiliki oleh Tokugawa Iemasa. Menyusul penyerahan Jepang, Sekutu menuntut agar semua keluarga bangsawan Jepang menyerahkan koleksi pedang mereka, mungkin sebagai suvenir perang.
Meski banyak bangsawan yang sangat marah dengan hal ini, Iemasa, yang merupakan Presiden House of Peers, memutuskan untuk memberikan contoh/tindakan yang baik sebagai suara nalar, dan menyerahkan koleksi pedang keluarganya. Koleksinya ini termasuk pedang Honjo Masamune.
Pria yang diduga menerima pedang Honjo Masamune ini adalah seorang sersan bernama 'Coldy Bimore', meski tidak ada catatan yang membuktikan keberadaannya.
Dengan demikian, nasib Honjo Masamune menjadi misteri sejak saat itu. Namun demikian, ada harapan bahwa pedang samurai yang terkenal suatu hari nanti dapat ditemukan.
Dilaporkan bahwa pada tahun 2013, sebuah pedang dibawa ke Museum Nasional Kyoto untuk dinilai. Pada tahun berikutnya, ditetapkan bahwa ini adalah salah satu pedang Masamune, khususnya yang dikenal sebagai Shimazu Masamune.
Catatan terakhir tentang keberadaan pedang ini adalah pada tahun 1862, ketika diberikan oleh Tokugawa Ishige kepada keluarga kekaisaran untuk menandai pernikahannya dengan Putri Kazunomiya. Inilah pedang Masamune pertama yang telah diidentifikasi dalam waktu sekitar 150 tahun.