Manukyan dan timnya menggunakan instrumen spektroskopi dan pencitraan mutakhir yang bertempat di Laboratorium Ilmu Nuklir dan empat fasilitas inti penelitian Notre Dame: Pusat Sains dan Teknologi Lingkungan, Fasilitas Pencitraan Terpadu, Fasilitas Karakterisasi Bahan, dan Fasilitas Struktur Molekul. Alat tersebut memungkinkan mereka melihat lebih dekat tinta, kertas, dan serat yang membuat uang kertas Franklin unik dan sulit ditiru.
Salah satu ciri paling khas yang mereka temukan adalah pigmen Franklin. Manukyan dan timnya menentukan unsur kimia yang digunakan untuk setiap item dalam koleksi catatan Kolonial Notre Dame. Uang palsu, yang mereka temukan, memiliki jumlah kalsium dan fosfor yang tinggi, tetapi unsur-unsur ini hanya ditemukan dalam jejak uang asli.
Analisis mereka mengungkapkan bahwa meskipun Franklin menggunakan (dan menjual) "lampu hitam", yaitu pigmen yang dibuat dengan membakar minyak sayur, untuk sebagian besar pencetakan. Mata uang cetak Franklin menggunakan pewarna hitam khusus yang terbuat dari grafit yang ditemukan di batu.
Pigmen ini juga berbeda dari hitam yang terbuat dari tulang yang dibakar, yang disukai baik oleh para pemalsu maupun oleh mereka yang berada di luar jaringan percetakan Franklin.
Tim juga menemukan bahwa uang kertas yang dicetak oleh jaringan Franklin memiliki tampilan yang khas karena penambahan bahan tembus cahaya yang mereka identifikasi sebagai muscovite.
Tim menentukan bahwa Franklin mulai menambahkan muscovite ke kertasnya dan ukuran kristal muscovite ini di kertasnya meningkat seiring waktu. Tim berspekulasi bahwa Franklin awalnya mulai menambahkan muscovite untuk membuat uang kertas yang dicetak lebih tahan lama, tetapi terus menambahkannya ketika terbukti dapat membantu pencegah pemalsu.
“Hanya sedikit ilmuwan yang tertarik untuk bekerja dengan bahan seperti ini. Mereka harus ditangani dengan sangat hati-hati, dan tidak dapat dirusak. Itu adalah kendala yang akan membuat banyak fisikawan menolak proyek seperti ini,” katanya.
Namun baginya, proyek tersebut merupakan bukti nilai kerja interdisipliner.