Setelah terlibat dengan Proyek Manhattan, Oppenheimer secara bertahap memisahkan dirinya dari komunisme. Namun, bahkan saat mengarahkan Los Alamos, dia terus-menerus diselidiki oleh badan keamanan AS atas aktivitas dan koneksi komunisnya.
Dalam keinginannya untuk menunjukkan kesetiaan kepada negaranya, Oppenheimer berbohong secara keji tentang teman dan mantan muridnya.
Salah satunya, dia secara tidak adil menuduh mantan muridnya yang berbakat, Bernard Peters, yang berpartisipasi dalam perkelahian jalanan anti-Nazi di Jerman, sebagai seorang Merah yang berbahaya.
Setelah perang, Oppenheimer sangat diminati dan dipandang sebagai ilmuwan pahlawan. Ia mengetuai beberapa komite, termasuk Komite Penasihat Umum Komisi Energi Atom (AEC), yang terkadang menimbulkan konflik kepentingan.
Misalnya, Pentagon melepaskan ide bom hidrogen setelah Oppenheimer memberi tahu mereka bahwa secara teknis tidak layak. Dia kemudian memberi tahu AEC bahwa Pentagon tidak tertarik untuk mengembangkan bom tersebut.
Oppenheimer memiliki tingkat izin keamanan tertinggi karena posisinya yang sensitif. Pada saat izinnya akan berakhir, kesetiaan dan kepercayaannya telah dipertanyakan oleh sejumlah orang. AEC membentuk dewan keamanan pribadi untuk memutuskan perpanjangan dan, pada tahun 1954, banyak ilmuwan memberi kesaksian atas kinerja Oppenheimer.
Kesaksian yang merusak dari fisikawan nuklir Edward Teller sering dianggap bertanggung jawab atas kejatuhan Oppenheimer. Sebagai advokat paling gigih untuk bom hidrogen AS, Teller memandang Oppenheimer sebagai penghalang usahanya.
Namun, saat menjadi saksi dalam sidang Oppenheimer, Teller justru menghancurkan reputasi dirinya sendiri. Kesaksian Teller pada akhirnya lebih merugikan dirinya sendiri ketimbang merugikan Oppenheimer.
Jadi, Oppenheimer adalah fisikawan brilian sekaligus politikus; pembicara yang canggih dan pendebat yang tidak konsisten; serta seorang kolega yang menginspirasi dan seorang teman yang tidak setia.