Pada pertempuran Dan-no-ura, musuh berhasil dikalahkan. Klan Genji memperluas kekuasaannya dan Yoritomo mengumpulkan seluruh provinsi di Jepang dan mendirikan Pemerintahan Kamakura di bawah pemerintahannya.
Meski begitu, Yoritomo tidak pernah menunjukkan rasa terima kasih atas bantuan Yoshitsune. Keinginan Yoshitsune untuk berdiri sendiri tidak terkabulkan dan malah menjadi musuh kaisar. Kecewa dengan Yoritomo, Yoshitsune berbicara pada para pasukan, “Kepada semua yang dendam dengan Yoritomo, kalian harus berpihak padaku.” Ucapan ini membuat berang Yoritomo.
Karena menjadi buronan di seluruh negeri, dia dan Benkei mencari perlindungan di suatu tempat yang jauh. Menurut kisah ketika ditemukan oleh anak buah Yoritomo, Yoshitsune melakukan seppuku, ritual bunuh diri samurai Jepang. Kepalanya diawetkan dalam sake dan dikirim ke Kamakura. Sementara Benkei, dia meninggal saat berusaha melindungi temannya.
Yoshitsune sempat menikah beberapa kali, istri sahnya putri dari Kawagoe Shigeyori sedangkan selirnya bernama Shizuka Gozen. Sebelum berselisih dengan Yoritomo ia juga sempat menikah dan memiliki seorang anak perempuan.
Kisah The Tale of Heike dikumpulkan tidak lama setelah Yoshitsune meninggal. Di zaman Edo, kisah Yoshitsune mulai banyak dipertunjukkan pada Kabuki seni teater tradisional Jepang dengan kostum mewah dan Sarugaku seni pertunjukan tradisional Jepang yang disampaikan dengan humor. Yoshitsune selalu ditampilkan sebagai pria tampan dan citra itu melekat sampai sekarang.
Sepak terjang Yoshitsune di medan pertempuran kekaisaran Jepang sangat melegenda. Baik memimpin sekelompok kecil pengikut setia atau terlibat dalam duel epik dengan musuh tangguh, dia menunjukkan keterampilan tak tertandingi dalam permainan pedang dan taktik.