Penyakit seperti itu membunuh Wayna Qhapaq yang merupakan kaisar Inca yang berkuasa pada tahun 1528 M. Setelah kematiannya, dua putranya Waskar dan Atahualpa akhirnya terlibat perang saudara untuk memperbutkan kekuasaan.
Perang saudara ini menjadi sangat merusak dan mengkhawatirkan bagi kekaisaran Inca. Tidak lama setelah periode ini, penjelajah harta karun dari Eropa mulai tiba di wilayah Amerika Selatan, termasuk wilayah kekaisaran Inca.
Kombinasi faktor-faktor inilah (badai pemberontakan, penyakit, dan invasi yang sempurna) yang menyebabkan jatuhnya Kekaisaran Inca yang perkasa, yang terbesar dan terkaya yang pernah ada di Amerika.
Bahasa Inca, Quechua, masih bertahan sampai sekarang dan masih digunakan oleh sekitar delapan juta orang. Ada juga peninggalan sejumlah bangunan, artefak, dan catatan tertulis yang selamat dari kerusakan akibat penakluk, penjarah, dan waktu.
Sisa-sisa sejarah Peradaban Inca jumlahnya memang sedikit dibandingkan kekayaan besar yang telah hilang. Namun sejarah dan peninggalan Inca tetap menjadi saksi tak terbantahkan atas kekayaan, dan pencapaian budaya tinggi dari peradaban besar yang berumur pendek ini.