Pemutihan karang dipengaruhi oleh peningkatan suhu perairan akibat pemanasan global. Pemanasan global menjadi penyebab utama rusaknya terumbu karang secara masal. Peningkatan suhu satu hingga dua derajat celsius memicu terjadinya bleaching.
Zooxanthella memproduksi makanan melalui proses fotosintesis yang diserap dan dimanfaatkan oleh terumbu karang. Peningkatan suhu juga menurunkan kemampuan alga menjalankan proses fotosintesis.
Tutupan terumbu karang mengalami penurunan di wilayah yang aktivitas pembangunan dan antropogeniknya tinggi. Peningkatan kegiatan wisata menjadikan perairan Pulau Setan menjadi rusak sangat rentan terganggu karena pada sisi kontur pantainya yang datar lebih disukai oleh pengunjung.
Banyak wisatawan yang memanfaatkan daerah ini untuk snorkeling dan diving. Hasil studi mengungkap pada kawasan pariwisata, terumbu karang cenderung lebih berpotensi terjangkit penyakit dibandingkan dengan daerah terumbu karang tanpa kegiatan pariwisata.
Aktivitas lain yang menyebabkan terumbu karang menjadi rentan adalah penangkapan yang destruktif berdampak pada rendahnya persentase tutupan karang batu hudup di perairan pulau ini. Kesehatan terumbu karang di perairan kawasan Mandeh cenderung terancam. Ancaman kesehatan terumbu karang juga diikuti oleh rendahnya kesehatan ekosistem terumbu karang
Kondisi kesehatan terumbu karang yang paling sehat di perairan kawasan Mandeh berada di Pulau Marak tempat tutupan persentase karang batu hidup dan tingkat resiliensi yang dimilikinya adalah tinggi.
Direktorat Jenderal Konservasi Sumber Daya Alam dan Ekosistem Kementerian Lingkungan Hidup merekomendasikan kegiatan monitoring yang konsisten sehingga terbangun kumpulan data pantauan kesehatan terumbu karang di Kawasan Konservasi Laut (KKL).