Kematian Toyotomi Hideyoshi pada tahun 1598 menandai titik balik dalam Perang Imjin. Kekuatan pendorong di balik invasi tersebut telah hilang, meninggalkan pasukan Jepang di Korea tanpa arah yang jelas dan dewan bupati, Gotairo, dengan tugas berat untuk mengelola dampaknya.
Dihadapkan pada kekacauan politik di dalam negeri dan perlawanan dari pasukan Korea serta Tiongkok, kepemimpinan Jepang membuat keputusan untuk mundur.
Pemimpin de facto Jepang yang baru, Tokugawa Ieyasu, yang mendirikan Keshogunan Tokugawa tidak begitu tertarik untuk melanjutkan ambisi Hideyoshi di luar negeri.
Perhatian utamanya adalah mengkonsolidasikan kekuasaannya di Jepang dan menjaga stabilitas setelah kematian Hideyoshi.
Pertempuran militer skala besar terakhir dalam perang ini adalah Pertempuran Noryang, yang mana pasukan angkatan laut gabungan Korea dan Tiongkok yang dipimpin oleh Laksamana Yi Sun-sin dan Jenderal Tiongkok Chen Lin melawan armada Jepang yang sedang mundur.
Meskipun merupakan kemenangan bagi pasukan sekutu dan berhasil mempercepat mundurnya Jepang, hal itu juga ditandai dengan kematian heroik Laksamana Yi yang terluka parah akibat peluru nyasar.
Pada bulan-bulan setelah kematian Hideyoshi, pasukan Jepang melakukan kemunduran terorganisir, meninggalkan posisi-posisi benteng dan kastil-kastil yang telah mereka bangun selama bertahun-tahun. Hal ini menandai berakhirnya kampanye militer Jepang di Korea.
Pada tahun 1603, perjanjian Yeongwon atau perdamaian formal ditandatangani antara Joseon dan Keshogunan Tokugawa yang baru dibentuk hingga akhirnya menutup babak pergolakan Perang Imjin.
Berakhirnya perang menandai era pengasingan bagi Jepang di bawah Keshogunan Tokugawa, yang berlangsung selama lebih dari dua abad.
Di Korea, berakhirnya perang menandai dimulainya periode pemulihan yang panjang dari kehancuran besar dan korban jiwa.
Meskipun mengalami kesulitan yang sangat besar, kenangan akan pahlawan seperti Laksamana Yi Sun-sin dan persatuan nasional yang dipupuk selama perang menjadi sumber kebanggaan dan identitas bagi rakyat Korea.