Namun, kesaksian mengatakan dia bersikeras untuk tetap tinggal – dan dia pasti berjuang sampai akhir dengan ggih. Dia terbunuh dalam pertempuran, tampaknya dipenggal oleh tentara Kesultanan Utsmaniyah.
Meski disebutkan bahwa Muhammad al Fatih memerintahkan pencarian jenazahnya dan ketika ditemukan, dia berduka dan menguburkan jenazahnya. Namun makam Palaiologos tidak ditemukan di Konstantinopel.
Makam Constantine XI Palaiologos yang “hilang”, Kaisar Bizantium terakhir
Pada tahun-tahun berikutnya, ada banyak laporan tentang tempat di mana Constantine dikuburkan. Namun, laporan bahwa jenazahnya dimakamkan di dalam Hagia Sophia tidak dapat diverifikasi.
Penjelasan yang paling mungkin adalah bahwa selama dua tahun pertama setelah Kejatuhan Konstantinopel, ia berlindung di kuil para Rasul Suci. Tempat itu ia gunakan sebagai tempat tinggalnya, dan kaisar terakhir dimakamkan di sana.
Namun gereja tersebut kemudian ditinggalkan oleh umat Kristen, dan Muhammad Al Fatih memerintahkan agar gereja tersebut diperbaiki untuk dijadikan Masjid Fatih.