Namun belakangan diketahui bahwa “Thonis” adalah nama Yunani untuk Heracleion. Hal ini mengungkapkan bahwa orang-orang Yunani melakukan perdagangan dengan orang-orang Mesir lebih awal dari perkiraan sebelumnya.
Selama berabad-abad, kota kuno Heracleion tetap hilang , hanya isapan jempol belaka dalam dunia mitos dan cerita rakyat. Hingga tahun 2001, arkeolog Prancis, Franck Goddio dan timnya, menggunakan teks sejarah, magnetometer resonansi magnetik nuklir, batimetri, dan sonar untuk menemukan dan memetakan reruntuhan yang tenggelam.
Goddio dan timnya mulai memetakan kawasan sekitar pelabuhan Alexandria pada tahun 1992. Empat tahun kemudian mereka memperluas pencarian hingga ke Teluk Aboukir. Saat itulah peralatan pemetaan mereka menemukan anomali aneh di dasar laut.
Setelah diperiksa lebih dekat, terungkap bahwa kota kuno tersebut tertutup sedimen yang diendapkan oleh Sungai Nil. Pasalnya, kota ini dibangun di delta Sungai Nil yang sungainya bermuara ke laut.
Hal ini membantu para peneliti memahami mengapa kota itu hilang begitu lama. Itu terkubur di bawah dasar laut.
Setelah kota ini ditemukan kembali pada awal abad ke-21, para arkeolog berupaya melakukan survei dan memetakan kota tersebut. Namun kedalamannya membuat tujuan tersebut menjadi sangat sulit. Beberapa wilayah Heracleion terletak lebih dari 30 meter di bawah Laut Mediterania.
Untuk membantu pencarian mereka, para arkeolog menggunakan peralatan menyelam canggih, kendaraan yang dioperasikan dari jarak jauh (ROV), dan teknologi sonar untuk menavigasi dan menggali situs yang tenggelam.
Ekspedisi ini telah mengungkap kekayaan artefak, patung, dan kompleks candi yang sangat terpelihara. Artefak tersebut memberikan gambaran sekilas tentang kehidupan sehari-hari Mesir kuno dan perannya dalam dunia kuno, serta warisan yang ditinggalkannya.
Dalam catatan sejarah dunia, penggalian bawah air di Heracleion telah menghasilkan harta karun berupa artefak yang akan menyibukkan para peneliti selama bertahun-tahun.
Dengan mempelajarinya, peneliti dapat membangun pemahaman yang lebih baik tentang seperti apa kehidupan di abad ke-8 SM. Kehadiran prasasti Yunani dan bukti hubungan perdagangan telah mengungkapkan bahwa Mesir kuno mempunyai pengaruh internasional yang lebih besar daripada yang diketahui sebelumnya.
Beberapa penemuan penting yang ditemukan di situs ini meliputi patung Hapi, patung firaun kolosal yang diyakini merupakan representasi Hapi (dewa banjir tahunan Sungai Nil). Ukuran dan detail patung ini menggarisbawahi betapa pentingnya Sungai Nil dalam kehidupan orang Mesir kuno.
Kemudian terdapat sisa-sisa Kuil Amun-Gereb, menunjukkan makna religius Heracleion. Kuil-kuil ini memainkan peran sentral dalam spiritualitas Mesir kuno dan merupakan pusat ibadah dan ritual.