Booth melarikan diri dengan menunggang kuda ke Maryland Selatan, ditemani oleh David Herold. Pasangan ini awalnya mencari perlindungan di rumah Dr. Samuel Mudd, yang menyebabkan patah kaki Booth.
Selama beberapa hari berikutnya, Booth dan Herold menghindari penangkapan, bergerak melalui pedesaan Maryland dan ke Virginia.
Sementara itu, para konspirator lainnya dengan cepat ditangkap. Lewis Powell, yang menyerang Menteri Luar Negeri William H. Seward pada malam yang sama dengan pembunuhan tersebut, ditangkap pada 17 April.
George Atzerodt, yang ditugaskan untuk membunuh Wakil Presiden Andrew Johnson tetapi gagal melaksanakan tindakan tersebut, ditangkap pada 20 April.
Mary Surratt, pemilik rumah kos tempat para konspirator bertemu, juga ditahan. Perburuan terhadap Booth semakin intensif ketika ribuan tentara dan petugas penegak hukum menjelajahi pedesaan.
Pencarian mencapai klimaksnya pada tanggal 26 April, ketika Booth dan Herold ditemukan bersembunyi di gudang tembakau di pertanian Richard Garrett di Virginia.
Herold menyerah, tetapi Booth menolak, menyatakan dia lebih suka bertarung sampai mati. Gudang itu dibakar untuk mengusir Booth, dan dia kemudian ditembak oleh Sersan Boston Corbett.
Booth meninggal karena luka-lukanya beberapa jam kemudian. Setelah kematian Booth, fokus beralih ke persidangan para konspirator yang ditangkap.
Dalam pengadilan militer yang dimulai pada Mei 1865, delapan orang diadili karena keterlibatan mereka dalam konspirasi tersebut.
Empat di antaranya, antara lain Mary Surratt, Lewis Powell, David Herold, dan George Atzerodt. Mereka dijatuhi hukuman mati dengan cara digantung yang dilakukan pada 7 Juli 1865.
Yang lainnya menerima hukuman penjara dengan jangka waktu yang berbeda-beda. Pembunuhan Lincoln juga meninggalkan kenangan abadi dalam ingatan dalam sejarah dunia. Dia diabadikan sebagai martir bagi Persatuan dan perjuangan kebebasan, dan warisannya terus membentuk sejarah Amerika.
Monumen dan tugu peringatan didirikan untuk menghormatinya, dan kehidupan dan kematiannya menjadi tema sentral dalam memori kolektif bangsa tentang Perang Saudara.
Pada tahun-tahun berikutnya, duka cita terhadap Lincoln berkembang menjadi refleksi yang lebih mendalam atas kontribusinya terhadap bangsa.