Dua minggu kemudian, pada tanggal 14 Juli 1969, militer El Salvador bergerak ke Honduras. Pada sore harinya, aksi militer terpadu dimulai. Angkatan Udara El Salvador menggunakan pesawat penumpang dengan bahan peledak diikatkan di sisinya sebagai pembom, menyerang sasaran di Honduras.
Tentara El Salvador yang lebih besar melancarkan serangan besar-besaran di sepanjang dua jalan utama yang menghubungkan kedua negara dan menyerbu Honduras. Namun momentum kemajuan tersebut tidak bertahan lama.
Angkatan Udara Honduras bereaksi. Mereka melakukan serangan balasan ke pangkalan udara El Salvador, Ilopango. Pembom Honduras menyerang untuk pertama kalinya pada pagi hari tanggal 16 Juli 1969.
Sasaran serangan udara Honduras mencakup fasilitas minyak seperti yang ada di Cutuco. Dan pada malam harinya, tiang asap besar muncul di garis pantai El Salvador dari depot minyak yang terbakar setelah dibom.
Pemerintah Honduras meminta Organisasi Negara-negara Amerika (OAS) untuk campur tangan, karena khawatir Tentara El Salvador yang mendekat akan menyerbu ibu kota Tegucigalpa yang sangat vital.
Akhirnya, OAS bertemu dalam sesi mendesak pada tanggal 18 Juli dan menyerukan gencatan senjata. Pada saat gencatan senjata diumumkan pada tanggal 18 Juli 1969, sekitar 900 warga El Salvador, sebagian besar warga sipil, telah terbunuh.
Sementara di pihak Honduras, mereka kehilangan sekitar 250 tentara yang tewas, ditambah dengan 2000 warga sipil. Sekitar 300.000 warga El Salvador menjadi pengungsi, setelah mereka terpaksa meninggalkan Honduras.
El Salvador menarik pasukannya pada tanggal 2 Agustus 1969. Ada tekanan besar dari OAS, yang mengancam dampak yang melemahkan jika El Salvador terus menolak penarikan pasukan mereka dari Honduras.
Honduras menjamin Presiden El Salvador, Fidel Sánchez Hernández untuk mendorong pemerintah Honduras memberikan keamanan yang memadai bagi warga El Salvador yang masih tinggal di Honduras.
Setelah memenangkan laga menentukan dengan Honduras dalam Kualifikasi Piala Dunia, El Salvador bermain di Piala Dunia 1970. Namun El Salvador tersingkir setelah kalah dalam tiga pertandingan pertamanya melawan Uni Soviet, Meksiko dan Belgia.
Krisis bilateral benar-benar diselesaikan. Sebelas tahun setelah konflik, kedua negara menandatangani perjanjian damai di Lima, Peru pada tanggal 30 Oktober 1980. Mereka setuju untuk menyelesaikan sengketa perbatasan Teluk Fonseca melalui Mahkamah Internasional (ICJ).
Pada tahun 1992, Pengadilan menyerahkan sebagian besar wilayah yang disengketakan kepada Honduras, dan pada tahun 1998, Honduras dan El Salvador menandatangani perjanjian demarkasi perbatasan untuk melaksanakan ketentuan keputusan ICJ.
Meski telah melalui upaya perdamaian, hingga hari ini keduanya masih bersitegang. Sepak bola masih menjadi hal yang sentimental di antara kedua negara dan karenanya, krisis itu mewarnai sampai hari ini.