Setahun kemudian, Nill menjual buku tersebut kepada seorang pedagang buku antik bernama Hans P. Kraus.
Namun, Kraus tidak pernah menemukan pembeli yang berminat. Pada tahun 1969, ia menyumbangkan buku tersebut ke Universitas Yale, di mana buku tersebut dikatalogkan sebagai "MS 408".
Para ahli dan pemecah kode ulung, dibuat kebingungan saat berusaha memecahkan karya aneh ini. Naskah Voynich terbukti sulit dipahami.
“Naskah ini merupakan manuskrip yang tebal, lebih menyerupai buku modern daripada gulungan abad pertengahan,” jelas Erin. “Beberapa halamannya terlipat menjadi diagram yang rumit.”
Naskah ini ditulis dalam bahasa yang sama sekali tidak dikenal. Menariknya lagi, terdapat berbagai ilustrasi simbol astrologi dan tanaman yang tampaknya fiktif, juga gambar orang telanjang yang sedang mandi dan makhluk-makhluk fantastis seperti naga.
Selama bertahun-tahun, banyak teori tentang Naskah Voynich yang bermunculan. Seorang ahli menyatakan bahwa naskah itu adalah buku panduan kesehatan wanita, sementara yang lain percaya bahwa Voynich sendiri yang membuatnya sebagai tipuan.
Teori yang lebih aneh mengatakan bahwa naskah ini bisa saja berasal dari planet lain–atau bahkan mungkin dari alam semesta lain.
Fisikawan Andreas Schinner menyebut buku itu sebagai "racun murni" bagi para sarjana karena, seperti yang dia katakan kepada Undark, "selalu ada pilihan yang mudah untuk melakukan kesalahan yang menggelikan."
Dalam penelitiannya, Schinner menyimpulkan bahwa teks tersebut dibuat sebagai tipuan Abad Pertengahan. Dengan kata lain, teks tersebut tidak ada artinya.
Namun, penelitian lain menemukan hal yang sebaliknya. Beberapa orang mengklaim bahwa teks tersebut ditulis dalam bahasa baru yang tidak dikenal dan yang lainnya berteori bahwa itu adalah versi aneh dari bahasa Latin, Ibrani, atau Turki.
Meskipun selalu buntu dalam memahami isi manuskrip tersebut, para peneliti telah menemukan informasi penting dalam beberapa tahun terakhir.