Investigasi awal atas pembantaian tersebut dilakukan oleh Tim Investigasi Kejahatan Perang Inggris.
Mereka mengumpulkan bukti-bukti, termasuk laporan saksi mata dari para penyintas dan personel lain yang berada di rumah sakit selama pembantaian tersebut.
Kisah-kisah ini memberikan gambaran mengerikan tentang kekejaman tersebut, dan memberikan bukti penting untuk persidangan berikutnya.
Pengadilan kejahatan perang berlangsung dalam beberapa tahap, dengan tahap pertama berfokus pada penjahat perang besar, termasuk para pemimpin militer Jepang.
Namun, orang-orang yang bertanggung jawab langsung atas pembantaian Rumah Sakit Alexandra tidak termasuk di antara mereka yang diadili pada awalnya.
Baru pada persidangan selanjutnya yang diadakan di Singapura, para pelaku pembantaian tersebut diadili.
Beberapa tentara Jepang diadili dan dihukum karena peran mereka dalam pembantaian tersebut. Di antara mereka adalah Letnan Jenderal Saburo Kawamura, yang memimpin unit yang melakukan pembantaian tersebut.
Dia dinyatakan bersalah dan dijatuhi hukuman mati dengan cara digantung. Namun, banyak yang merasa bahwa keadilan belum sepenuhnya ditegakkan, karena tidak semua pihak yang terlibat dalam pembantaian tersebut dapat dimintai pertanggungjawaban.