Sekarang ceritanya pindah ke Java. Sisa-sisa candi Hindu dan Buddha yang ditemukan di Jawa Tengah dan berasal dari antara abad ke-8 dan ke-10 menunjukkan pemerintahan dua dinasti. Dinasti ini adalah Dinasti Sailendra (penganut Agama Budha Mahayana dan kemungkinan besar dinasti yang membangun Candi Borobudur yang terletaknya di dekat Yogyakarta sekitar tahun 800 Masehi) dan Dinasti Sanjaya (penganut agama Hindu yang membangun kompleks candi Prambanan sekitar tahun 850 Masehi tidak jauh dari candi Borobudur dan sebagai reaksi terhadap pembangunan candi Borobudur).
Keruntuhan perlahan-lahan Sriwijaya dan munculnya kerajaan baru dan besar di Jawa itu berarti bahwa kekuasaan politik secara bertahap berpindah dari Sumatra ke Jawa.
Namun pada abad ke-10 kehidupan penduduk di Jawa Tengah tiba-tiba jadi tidak terekam karena tidak ada sumber. Diduga letusan gunung berapi besar menggeser kekuasaan politik dari Jawa Tengah ke Jawa Timur tempat berkembangnya sejumlah kerajaan baru.
Tiga kerajaan di antaranya yang patut mendapatkan perhatian khusus karena warisan masing-masing, yakni Kediri (sekitar 1042-1222) untuk warisan prasasti dan warisan sastranya, dan penggantinya Singasari (antara 1222 dan 1292) karena memperkenalkan babak baru dalam sejarah Indonesia, yaitu sinkretisme (penyatuan aliran) agama Hindu dan Buddha.
Babak baru ini mencapai kejayaannya di Kerajaan Majapahit di Jawa Timur (dari tahun 1293 sampai sekitar 1500), yang mungkin merupakan kerajaan terbesar dalam sejarah Nusantara. Majapahit memiliki wilayah geografis yang menyerupai perbatasan Indonesia saat ini (walaupun masih diperdebatkan di antara kalangan sarjana mengenai seberapa besar kekuasaan Majapahit benar-benar dinikmati di luar pulau Jawa dan Bali).
Majapahit dengan perkembangan seni dan sastranya yang luar biasa masih merupakan konsep penting dan menjadi penyebab kebanggaan nasional bagi masyarakat Indonesia saat ini karena dianggap sebagai dasar negara modern Indonesia.
Pergerakan kaum nasionalis di abad ke-20 menggunakan konsep ini untuk menjustifikasi kemerdekaan dan keabsahan batas-batas wilayah Indonesia. Semboyan nasional Indonesia, yaitu Bhinneka Tunggal Ika, yang berarti ‘Persatuan dalam Keberagaman', berasal dari sebuah puisi Jawa Kuno yang ditulis pada masa pemerintahan Majapahit.
2. Peradaban Islam dari Timur Tengah
Meskipun Majapahit merupakan kerajaan Hindu-Buddha, Islam juga memberi pengaruh bagi kalangan elite penguasa Majapahit. Kemungkinan Islam sudah ada di Asia Tenggara maritim dari awal era Islam ketika pedagang Muslim datang ke Nusantara, membuat permukiman di daerah pesisir, menikah dengan perempuan setempat dan dihormati karena kekayaan mereka yang diperoleh melalui perdagangan.
Beberapa penguasa lokal kemungkinan tertarik dengan agama baru ini dan dianggapnya menguntungkan untuk menganut sebuah keyakinan yang sama seperti sebagian besar pedagang. Pendirian kerajaan Islam merupakan langkah logis berikutnya. Diduga rakyat dari raja-raja lokal ini mengikutinya dengan masuk Islam.
Prasasti pada batu nisan menunjukkan bahwa pada awal abad ke-13 terdapat sebuah kerajaan Islam di bagian utara Sumatra yang disebut Pasai atau Samudera Pasai. Menurut catatan sejarah dunia, kerajaan ini dianggap sebagai kerajaan Islam pertama di Nusantara.