Portugis juga menderita akibat persaingan dagang dengan Spanyol. Seperti saat mereka kesulitan mengendalikan perdagangan rempah-rempah di Maluku.
Di Hindia, Portugis juga mengalami kesulitan secara militer. Keuntungan yang diperoleh dari izin perdagangan dan bea cukai sebagian besar diserap oleh aparat militer.
Ambil contoh kasus, Portugis disibukkan oleh Kesultanan Aceh yang rutin melakukan penyerangan ke markas Portugis di Malaka. Belum lagi pada proses penyerangan itu, rakyat Aceh didukung oleh Kekaisaran Ottoman yang menguras banyak tenaga dan biaya.
Beberapa isi Itinerario yang sangat penting itu, menjadi satu gambaran bagaimana peluang dan risiko yang telah dihadapi Portugis dalam membangun kekuasaannya di tanah jajahnya.
Karya Jan Huygen van Linschoten di satu sisi memperjelas bahwa terdapat peluang besar bagi Belanda di Asia. Itinerario menjadi karya berwibawa dan muncul dalam bahasa Inggris, Prancis, Jerman, dan Latin.
Untuk waktu yang lama, ini menjadi satu gagasan penting untuk memulai pelayaran laut ke Hindia. Di antaranya, ia menjelaskan bagaimana menurutnya cara terbaik agar melakukan perjalanan ke Kepulauan Maluku.
Jika kapal Belanda upaya untuk menghindari Portugis, maka dalam Itinerario disebutkan, lebih baik berlayar tidak melalui Selat Malaka yang telah jatuh ke dalam kekuasaan Portugis, sehingga disarankan untuk melintasi Selat Sunda.
Pada 1594, Compagnie van Verre didirikan, dan setahun kemudian empat kapal berangkat untuk pelayaran pertama ke Hindia, yang disebut Eerste Schepvaart dipimpin oleh Cornelis de Houtman.
Perjalanan tersebut tidak berjalan mulus dan mengalami kegagalan finansial. Namun, Hindia masih dapat dicapai, sebagian berkat uraian rute Jan Huygen van Linschoten yang dituangkan dalam Itinerario.
Segera ekspedisi kedua dilakukan dan perusahaan-perusahaan baru terbentuk yang mulai bersaing ketat satu sama lain. Pada 1602, sebuah perusahaan payung akhirnya didirikan atas prakarsa Advokat Negara, Johan van Oldenbarnevelt.
Dalam kesepakatan, perusahaan itu diberi nama: de Vereenigde Oostindische Compagnie atau VOC. Perusahaan yang kemudian menjadi salah satu perusahaan terbesar dan terkaya sepanjang sejarah.