Sebagai seorang filsuf perempuan, ia tidak berusaha menyembunyikan keyakinannya dan tetap menjalankan praktik paganisme. Sikapnya ini membuat marah komunitas Kristen di Alexandria.
Banyak yang percaya bahwa Cyril, seorang uskup terkemuka di Alexandria, menjadikan Hypatia sebagai targetnya. Ia ingin menghilangkan pengaruh filsuf dan astronom perempuan yang dianggap penyembah berhala.
Uskup Cyril secara terbuka menuduh Hypatia sebagai penyembah berhala. Ia kemudian diduga memerintahkan sekelompok pengikut fanatiknya untuk menculik perempuan tersebut.
Kelompok fanatik Kristen itu pun menangkap Hypatia, menyeretnya melalui jalan-jalan kota, dan menyiksanya dengan keji.
Menurut catatan sejarah, penyiksaan yang dilakukan sangat kejam, termasuk mengikis kulit Hypatia dengan cangkang tiram.
Setelah itu, massa membawanya ke sebuah gereja, di mana mereka menelanjanginya, mencambuknya, dan mencabik-cabik tubuhnya hingga tewas.
