Setelah mendapatkan Surat Perintah 11 Maret 1966 dari Presiden Soekarno yang dibawa oleh tiga jenderal dari Istana Bogor, Menteri Panglima Angkatan Darat Letjen Soeharto langsung beraksi.
Soeharto tidak mau menunggu waktu lama untuk melakukan serangkaian "tindakan yang dianggap perlu untuk menjaga keamanan, ketenangan dan kestabilan".
Dalam buku biografi Soeharto: Jenderal Besar dari Kemusuk,terbitan Dinas Sejarah Angakatan Darat, dia menyimpulkan bahwa penyebab pokok terjadinya pergolakan nasional saat itu adalah peristiwa G30S yang didalangi oleh Partai Komunis Indonesia.
(Baca: Supersemar, Surat Sakti Penuh Misteri)
Oleh karena itu, langkah pertama yang diambil oleh Soeharto adalah membubarkan PKI dan organisasi di bawahnya pada 12 Maret 1966 dengan mengatasnamakan Presiden Soekarno.
Keputusan tersebut tertuang dalam Surat Keputusan Nomor 1/3/1966 dan diperkuat dengan Ketetapan MPRS Nomor XXV/1966.
Isi surat keputusan itu adalah membubarkan Partai Komunis Indonesia termasuk bagian-bagian organisasinya dari tingkat pusat sampai ke daerah beserta semua organisasi yang seazas, berlindung dan bernaung di bawahnya.
Kedua, Soeharto menyatakan PKI sebagai organisasi terlarang di seluruh wilayah kekuasaan negara Republik Indonesia.
(Baca juga: Supersemar Versi Soeharto)
Dikutip dari arsip Harian Kompas yang terbit 14 Maret 1966, Surat Keputusan tersebut dikeluarkan dengan memperhatikan hasil pemeriksaan, serta putusan Mahkamah Militer Luar Biasa terhadap tokoh-tokoh PKI yang dituduh terlibat dalam peristiwa G30S.
Keluarnya Surat Keputusan ini mendapat respon yang luar biasa. Pada 15 Maret 1966 di Lapangan Banteng Jakarta diadakan Rapat Raksasa Keselamatan dan show of force dari RPKAD.
Akan tetapi, dalam perkembangannya, Presiden Soekarno menilai apa yang dilakukan Soeharto menyalahi isi dari Supersemar.