Dikirim ke Kekaisaran Tiongkok
Setelah menyelesaikan studi teologi, Verbiest ditahbiskan sebagai imam dan menyelesaikan studinya di Seville pada tahun 1655.
Saat itu sekali lagi otoritas Spanyol tidak mengizinkannya untuk berangkat ke Meksiko. Ia pun mengubah rencana dan berharap untuk menjadi misionaris di Kekaisaran Tiongkok.
Akhirnya, pada musim semi tahun 1659 Verbiest menjadi salah satu dari 14 misionaris yang diizinkan memasuki Kekaisaran Tiongkok dari Makau. Tugas pertama Verbiest adalah menjadi pengkhotbah di Provinsi Shaanxi.
Pada 1660, Misionaris Serikat Yesus Johann Adam Schall von Bell memanggil Verbiest untuk datang ke Beijing dan bertindak sebagai asistennya. Ia mengepalai Observatorium Kekaisaran dan Biro Matematika.
Verbiest tiba di Beijing untuk mengambil posisi ini pada 6 Juni 1660. “Saat itu Schall sangat mendukung Kaisar Shunzhi dan memiliki otoritas yang cukup besar di kekaisaran,” tambah O’Connor.
Namun situasi mulai berubah ketika kaisar meninggal. Saat itu, empat wali penguasa mengambil alih kekuasaan untuk menjalankan kekaisaran mewakili Kaisar Kangxi yang baru berusia 7 tahun.
Yang Guangxian, salah satu wali, mengajukan tuntutan terhadap Schall. Dia menuduhnya karena menggunakan posisinya untuk mempromosikan agama Katolik.
Dia mengeklaim bahwa Schall telah membuat kesalahan matematis dalam prediksi astronomi tertentu.
Akibat tuduhan tersebut, Schall, Verbiest dan delapan orang lainnya ditahan di penjara dengan rantai. Pada akhir Desember 1664 semuanya dinyatakan bersalah.
Schall dijatuhi hukuman mati. Sementara Verbiest dan dua lainnya masing-masing dijatuhi hukuman 100 pukulan tongkat dan harus pergi dari kekaisaran.
Namun, mereka diselamatkan oleh serangkaian gempa bumi yang melanda Beijing pada bulan April 1665. Gempa tersebut menyebabkan kebakaran di istana kekaisaran.