Sebagai misionaris, Verbiest juga menjelaskan tentang ajaran Katolik kepada Kaisar. Hasilnya, kaisar mengizinkannya untuk memberitakan agama Katolik di semua wilayah di bawah pemerintahannya.
Sebagai Direktur Observatorium Kekaisaran, dia membangunnya kembali pada tahun 1673. Verbiest memiliki enam instrumen baru yang dibuat sesuai desainnya sendiri untuk menggantikan instrumen.
Verbiest pun menghasilkan 16 jilid karya Disclosure on the Newly-Built Astronomical Instruments in the Observatory pada tahun 1674. Di tahun yang sama, misionaris Serikat Yesus itu menghasilkan peta seluruh dunia.
Verbiest juga seorang penemu dengan banyak ide luar biasa. Mobil bertenaga uapnya dirancang untuk Kaisar Kangxi.
Di saat yang sama, Verbiest juga menjadi pemimpin dari semua misi Ordo Serikat Yesus di Kekaisaran Tiongkok.
Pada 13 Februari 1687 Verbiest jatuh dari kudanya dan harus menghabiskan waktu di tempat tidur. Peristiwa itu menandai awal dari penurunan kesehatannya.
Pada 25 Januari 1688 dia mengalami demam yang sangat tinggi. Sang astronom meninggal pada 28 Januari 1688 dan pemakamannya diadakan pada 11 Maret.
Prestasinya yang luar biasa diakui dalam beberapa cara. Kekaisaran Tiongkok memberinya gelar luar biasa "terpelajar dan rajin" dalam keputusan kekaisaran 19 Mei 1689. Belakangan, sebuah patung didirikan di kota asalnya Pittem.
Pengetahuannya yang luar biasa dan rasa ingin tahu Kaisar Kangxi yang besar membuat keduanya menjalin hubungan yang akrab. Kaisar Kangxi pun tidak segan untuk memberinya penghargaan dalam bidang astronomi.
Bahkan untuk menghormati Verbiest, Kaisar Kangxi mengeluarkan Dekrit Toleransi Tiongkok pada tahun 1692.
Kaisar secara resmi mengizinkan penyebaran agama Katolik di Kekaisaran Tiongkok. Namun sejumlah kontroversi menyebabkan kegagalan misi Ordo Serikat Yesus di Kekaisaran Tiongkok.
Peninggalan Ferdinand Verbiest masih berdiri tegak di Beijing. Namun namanya perlahan mulai terlupakan.